Joaquim José da Costa de Macedo foi filho de Agostinho José da Costa de Macedo (1745-1822), professor régio de Filosofia Racional e Moral desde pelo menos 1782; sócio efectivo (1789) e veterano (1814) da Academia das Ciências; e segundo-bibliotecário da Biblioteca Pública de Lisboa, escolhido para secundar António Ribeiro dos Santos, que a dirigiu até 1816.

À imagem do pai, Joaquim José da Costa de Macedo serviu a coroa e o Estado portugueses durante mais de sessenta anos (1794-1857), começando por exercer funções na contadoria-geral das Províncias (para a qual foi nomeado a 27 de Novembro de 1794, com 17 anos) e aposentando-se do serviço público como guarda-mor da Torre do Tombo, em 8 de Agosto de 1857 (aos 80 anos). Foi conselheiro de Estado, vice-presidente da Junta dos Juros e comendador de diversas ordens e membro de mais de quarenta academias e sociedades intelectuais internacionais. Apesar de não se lhe conhecerem estudos formais, foi sócio efectivo da Academia durante mais de quatro décadas (1814-56), assim como secretário perpétuo da instituição (1834-56), demitindo-se desta função por diferendo com Alexandre Herculano.

Com excepção de sete anos passados em Paris (1800-07), quando desempenhou as funções de segundo secretário da legação portuguesa, Macedo passou a totalidade da sua vida em Portugal. Em 1805 escreveu em francês um artigo publicado em três números por uma revista parisiense, a Revue Philosophique, Littéraire et Politique. Intitulado «Sur les élements de l'Histoire du Portugal par Mr. Seyries [Serieys]», que denunciava os erros e os plágios acumulados por Antoine Serieys a propósito da história portuguesa (J. M. Quérard, La France Littéraire, vol. IX, 1838, pp. 70-71). Infelizmente, não foi possível localizar qualquer exemplar desse opúsculo.

Enquanto sócio efectivo da classe de Literatura (tesoureiro, decano e secretário da mesma), a partir de 1814, Macedo conviveu com alguns dos nomes maiores dos estudos históricos em Portugal da época, como Ribeiro dos Santos, Caetano do Amaral, João Pedro Ribeiro, Ferreira Gordo, José Liberato Freire de Carvalho e Alexandre Herculano. Fez parte de comissões académicas e literárias decisivas para a sorte da investigação documental portuguesa (sobretudo, sobre as cortes tradicionais), e desempenhou papel de relevo no complexo processo de reorganização dos espólios dos extintos conventos, após Évora-Monte (1834) – nomeadamente, no encaminhamento e recepção de manuscritos incorporados na «série vermelha» da própria Academia e na colecção dita dos Manuscritos da Livraria da Torre do Tombo.

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