Apesar de figura activa durante a primeira metade do reinado de D. Miguel, sabe-se que Macedo esteve preso durante os anos finais desse período, nomeadamente, de 1831 a 1833. É, assim, com propriedade que escreve, em discurso de 1838, que em 1831 «a Academia, orfã de uma parte de seus membros, agrilhoados em masmorras, desterrados e dispersos, caminhava lentamente para uma inanição gradual à sua total dissolução» («Discurso recitado na sessão pública de 15 de Maio de 1838», em História e Memórias..., t. XII, 1839, p. XI). De resto, Costa de Macedo só se tornou verdadeiramente visível na vida da Academia a partir de 1834, quando foi nomeado secretário perpétuo da instituição. De 1819 a 1834 não se lhe conhece, inclusive, nenhum texto publicado.Quanto às obras publicadas nas décadas de 30 a 50, cerca de uma quinzena, podem ser classificadas do seguinte modo:

1) Os Aditamentos à primeira parte da Memória, sobre as verdadeiras épocas em que principiaram as nossas navegações e descobrimentos no oceano Atlântico, lidos em sessão académica de 8 de Abril de 1835 (em continuação do texto de 1819); a Memória em que se pretende provar, que os árabes não conheceram as Canárias antes dos portugueses, lida nas sessões académicas de 13 de Julho de 1842 e seguintes; e o texto «Sobre o estado da navegação dos árabes nos tempos próximos ao Islamismo, e sobre a invasão dos mesmos árabes na Espanha».

2) Discursos de circunstância, datados de 1834 a 1854 - úteis, para documentarem a internacionalização da Academia; o início de captação de sócios entre as comunidades académicas estrangeiras; o movimento de troca de bibliografia colectiva das sociedades e autores estrangeiros por volumes nacionais; e as mudanças de perspectivas historiográficas.

3) Outros textos, de cunho erudito, como o que dedicou aos vasos murrinos (História e Memórias..., tomo XII, parte 2ª, 1839, pp. 1-151); à língua e literatura grega em Portugal, no reinado de D. Duarte, de 1853 (Memórias da Academia das Ciências..., nova série, 1854, tomo I, parte 1ª, pp. 1-168); bem como a resposta aos quesitos sobre a biblioteca da Academia e comunicações sobre «as doutrinas religiosas da Pérsia» (Actas da Academia Real das Ciências, tomo I, 1849, pp. 124-138, 239-249 e 300-321).

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