Com o desastroso fecho da Faculdade de Letras do Porto pela Ditadura Militar, Damião Peres decide concorrer à Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, submetendo-se a prestação de provas públicas com A diplomacia portuguesa e a sucessão de Espanha (1700-1704). Fundado em pesquisa realizada em vários arquivos, e não apenas portugueses. Sobretudo usando documentação inédita, com análise das posições que foram sendo tomadas e desfeitas ao longo destes anos. Situações aparentemente instáveis, da aliança com Luís XIV e Filipe V à tentativa de neutralidade no conflito que se avizinhava para finalmente resultar na integração na Grande Aliança de britânicos, nederlandeses e alemães. Em que personagens de primeira plana nas representações portuguesas no exterior se movem: D. Luís da Cunha (Londres), José da Cunha Brochado (Paris) ou Francisco de Sousa Pacheco (Países Baixos). Com sentido das jogadas internacionalmente ocorridas, procurando satisfazer uma política que esteve muito longe de revelar firmeza por parte dos seus protagonistas na corte de Lisboa durante as negociações que conduziram aos tratados de 16 de Maio de 1703. Com os quais Portugal iniciava a sua participação no conflito bélico que durará cerca de uma década.

Em Coimbra alcançou a cátedra pretendida. E nessa Faculdade de Letras se iria manter durante todo o restante da sua carreira académica, até se jubilar em 1959. Contudo, nesse estabelecimento, onde era o mais prestigiado entre os professores do grupo de História, não exerceu uma influência decisiva, dado ter-se dedicado sobretudo ao exercício lisboeta do cargo de director do Museu Numismático Português, anexo à Casa da Moeda, além das suas múltiplas actividades editoriais. Não era muito assíduo às aulas, onde aparecia por vezes, ido de comboio – o que lhe mereceu a alcunha de Professor Ferroviário por parte de um colega. Talvez por essa ausência, António de Oliveira só muito de passagem o refere na sua retrospectiva do ensino e investigação de história na Faculdade de Letras de Coimbra não lhe assinalando marcante influência. E João Marinho dos Santos ao delinear o enquadramento do ensino da história ultramarina tampouco lhe atribui uma determinante posição relativamente à docência de História dos Descobrimentos.

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