No mês de julho desse ano o golpe militar contra o governo presidido por Manuel Azaña deu início em Espanha à guerra civil. Os sublevados, pelos quais as autoridades portuguesas e os sectores mais conservadores do país mostraram aberta simpatia, comunicaram a CSA a sua destituição como embaixador. Ele permaneceu em Lisboa, acolheu na embaixada os refugiados que chegaram fugindo das áreas ocupadas e registrou os seus testemunhos. O regime salazarista proibiu qualquer manifestação de apoio ao governo republicano espanhol e isolou a embaixada, que não recebia comunicações oficiais nem o dinheiro enviado de Espanha para a manutenção dos seus funcionários e as despesas quotidianas. Através de informantes clandestinos, CSA sabia que de Portugal estava a ser transferido dinheiro aos sublevados espanhóis e que submarinos e barcos carregados de armamento, muitos deles alemães e italianos, passavam pelos portos portugueses com destino desconhecido. Dois polícias ao serviço da embaixada desapareceram uma noite e foram localizados já em Espanha, depois de terem sido raptados e obrigados a engrossar as filas do chamado ‘bando nacional’. Os protestos do embaixador não eram ouvidos e as ameaças constantes obrigaram a vários diplomatas espanhóis, entre os quais o cônsul, a abandonar Portugal e fugir para França. Fascistas e monárquicos espanhóis atacavam constantemente os republicanos residentes, com o apoio da polícia portuguesa, e aqueles que conseguiam atravessar a fronteira à procura de asilo eram levados de volta para serem fuzilados. Nestas circunstâncias, a maior parte dos funcionários da embaixada demitiram-se.

Salazar temia que o sistema de governo estabelecido em Espanha desde 1931 chegasse a Portugal, e também sentia uma proximidade ideológica com os sublevados espanhóis e com os regimes que governavam Alemanha e Itália. Porém, nas semanas que seguiram ao ‘pronunciamento’ não cortou as relações com a República espanhola. CSA, pelo seu lado, pensava que o governo português estava à espera de que fosse o espanhol quem desse o passo e que a sua saída de Lisboa, pressionado pelas constantes ameaças dos falangistas contra ele próprio e contra os seus filhos, seria o pretexto para escolher um bando. Por esse motivo resistiu até os fins de outubro, quando o regime salazarista passou a apoiar abertamente aos sublevados. Exilado em Bordéus, com uma cátedra na universidade parcialmente sufragada pela fundação Rockefeller, conseguiu regressar a Espanha e recuperar os seus ficheiros; mas as entrevistas com os responsáveis do bando republicano convenceram-no de que a guerra estava perdida. No ano 1939, depois de a sua casa em Madrid ser saqueada, pediu aos seus pais que o deserdassem para que o novo governo não pudesse apropriar-se de nada mais. Nessa altura, o início da Segunda Guerra Mundial e o temor a que Bordéus fosse bombardeada obrigaram-no a enterrar as suas fichas no jardim da casa. Quando a cidade foi ocupada pelos alemães teve de fugir de novo com as suas fichas, mas já sem a sua família. Viajou num barco de Marselha a Argel, num comboio a Casablanca e num veleiro de novo a Lisboa. De Portugal partiu para o Rio de Janeiro e, depois de passar um tempo na Universidad de Cuyo, em Mendoza (Argentina), instalou-se em Buenos Aires, no ano 1942.

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