Estas polémicas serviram ainda mais para desviar os esforços deste autor do seu principal objecto, o projecto de uma colecção documental diplomática portuguesa desde a fundação da monarquia até ao século XIX, projecto, aliás, tornado obra oficial em 1824 e novamente em 1842, nos reinados de D. João VI e de D. Maria II.

Apesar disso, o Quadro Elementar... conheceu onze volumes publicados pelo autor, até 1853. Todos os que foram editados postumamente (sete, entre 1858 e 1876), pela mão de Rebelo da Silva e de Mendes Leal, no âmbito da Academia das Ciências, significaram um desvirtuamento de propósitos e uma amputação cronológica (de 1501 em diante) que os afastou irremediavelmente do projecto inicial. O mesmo sucedeu com o Corpo Diplomático..., título utilizado pela mesma instituição para fins semelhantes, ao serviço do que Herculano e seus seguidores quiseram impor à historiografia nacional da década de 1850 em diante: isto é, exclusivismo documental dos Portugaliae Monumenta Historica até ao fim do século XV e publicação de fontes a utilizar em polémicas anti-ultramontanas (como as do Padroado do Oriente, da Concordata de 1857 e a das Irmãs da Caridade).

Um véu de silêncio caiu sobre a obra de Santarém, após a sua morte, em 1856. Só com a acção do neto, o 3º titular (1878-1971), no primeiro terço do século XX, os seus escritos e correspondência foram reeditados e organizados. A intervenção decisiva do historiador na polémica oitocentista sobre a prioridade dos descobrimentos portugueses, glorificada sob o Estado Novo a propósito do infante D. Henrique e da Crónica da Guiné, foi por um lado criticamenrte defendida por Joaquim Bensaúde e Armando Cortesão, mas, por outro, secundarizada por Vitorino Magalhães Godinho, em textos de 1943 e de 1962. Só com a reedição do Atlas e de obras escolhidas (prefaciadas por Martim de Albuquerque), em 1989 e com a publicação de trabalhos contextualizadores e problematizantes da questão, por Sérgio Campos Matos, em 1998, o trabalho multidisciplinar e crítico deste historiador, geógrafo e cartólogo, elogiado por contemporâneos insuspeitos como Guizot, Humboldt e Navarrete, voltou a merecer a atenção da comunidade científica (veja-se, a este propósito, Daniel Estudante Protásio, 2009, pp. 256 a 313).

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