Em 1946, com 41 anos, a convite de Marcelo Caetano foi nomeado professor ordinário no Curso de Altos Estudos Coloniais ficando responsável pelas cadeiras de Colonização Moderna e Missionologia da Escola Superior Colonial, instituição que deu origem ao Instituto Superior de Estudos Ultramarinos (ISEU - 1954-1961), mais tarde Instituto Superior de Ciências Sociais e Política Ultramarina (ISCSPU - 1962 e 1976), e actualmente Instituto Superior de Ciências Sociais e Políticas (ISCSP) (Idem, p. 151). Silva Rego esteve na direcção e alcançou a cátedra, ficando nesta instituição até 1975, ano da sua jubilação. Além fronteiras, foi nomeado, em 1957, Visiting Luís de Camões of Portuguese Studies Professor no Ernest Oppenheimer Institute of Portuguese Studies da Universidade de Witwatersrand (Joanesburgo). O seu estabelecimento na capital portuguesa foi, contudo, efémero. Complementaria a actividade docente com inúmeras viagens pela Europa, África e Ásia, nas quais conciliou as estadias de investigação com o espírito missionário, que nunca abandonou. Além disso, o "amor" que tinha por Macau fazia-o regressar anualmente à terra onde se tinha formado (J. Mendes de Almeida, ibidem, p. 18). Recordou Adriano Moreira que só no ano de 1959, Silva Rego percorreu a Nigéria, Camarões, África equatorial francesa, Angola, Congo belga, Uganda, Quénia, Tanganica, Rodésia e África do Sul (A. Moreira, "O Padroado...", 1991, p. 232). Proficiente na língua inglesa e francesa, em muitas das suas deslocações realizou conferências, nomeadamente em Cambridge, Colombo, Joanesburgo, Luanda, Lourenço Marques, Goa, Singapura e Estocolmo, muitas das quais resultaram em publicações. Ao tempo, além de notoriedade nacional, atingiu um grau de internacionalização assinalável, sendo assíduo nos principais eventos científicos tanto como organizador ou orador. Do seu currículo fazem parte, a título de exemplo, a participação no 1º Seminário Internacional de História indo-portuguesa, a organização do 2º Seminário anos depois em Lisboa (1980), a representação de Portugal na Comissão Internacional de História Marítima (1960), a presença nos Congressos Luso-espanhóis para o progresso das Ciências (em Coimbra em 1956 e no Porto em 1962), no X e o XI Congresso Internacional de Ciências Históricas (Roma, 1955/Estocolmo 1960), na Iª Conferência Nacional de Historiadores do Sudeste asiático (Singapura 1961), a presidência do II Congresso da Associação Histórica Internacional do Oceano Índico (Lourenço Marques, 1962), etc. (F. Castelo Branco, "Correspondência...", 1991, p. 89; R. Gulbenkian, ibidem, p. 162).

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