A obra de Silva Rego pode dividir-se em quatro categorias: estudos históricos, histórico-missionológicos, pedagógico-missionológicos e de teoria da história. Nas duas primeiras, como metodologia de análise, explorou, aplicou e procurou redefinir, entre outros, conceitos como «colonização», «missionação», «missão católica», «aculturação», «encontro de culturas», «nacionalismo», «expansão-conquista» e «expansão-descobrimento». Nos textos histórico-missionológicos centralizou o seu principal objecto de estudo: a história da expansão e do padroado português no Oriente e em África na época Moderna, extensível, por vezes, à contemporaneidade, incorporando em muitos deles a teoria missionológica, um reflexo da sua própria experiência sacerdotal passada a Oriente. Na vertente pedagógica incluem-se textos como aquele que elaborou, por exemplo, para o Curso de Missionologia para os alunos do ISEU. Na última categoria - teoria da história - interessou-se particularmente pelo fenómeno do tempo e da acção, «história apreensão e conhecimento do real», «história-construção do espírito», «história-explicação dos factos» e «história-vida» (A. Silva Rego, ibidem, pp. 11 e 12). Além disso, defendeu o lugar da História no campo das ciências sociais e a autonomização desta em relação a outras disciplinas como a filosofia (A. Silva Rego, "Da imparcialidade...", 1962, p. 140). Preocupou-se ainda com a definição do ofício do historiador e com a questão da «imparcialidade na história», quadro teórico ao qual dedicou um artigo homónimo (Idem, pp. 137-150). O historiador era o responsável, na sua opinião, por alcançar a verdade histórica possível, ainda que não absoluta, recorrendo para isso a um questionário que, no seu ponto de vista, deveria ser quase inesgotável (A. Silva Rego, "Do tempo...", 1991, p. 13).

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