Aliado à sua capacidade de iniciativa e coordenação de projectos, Silva Rego foi autor de uma vasta produção historiográfica. Aos primeiros contributos que deu ao Boletim Eclesiástico de Macau na década de 30, somou mais de uma centena e meia de publicações. Aos trinta e cinco anos de idade, por ocasião das comemorações dos 200 anos da fundação e restauração de Portugal, escreveu o seu primeiro texto de referência: "O padroado português do Oriente: esboço histórico" (1940). Nos anos 40, publicou outros textos de relevo como o Dialecto português em Malaca. Apontamentos para o seu estudo (1942), as "Sombras da Epopeia portuguesa do Oriente" (1945) e A presença de Portugal em Macau (1946). Foi precisamente nesta época, quando realizava investigação, que se viu confrontado com a desorganização do espólio do Arquivo Histórico Colonial de Lisboa. Assumindo que o estado deste seria previsivelmente sintomático da situação de outros tantos, daqui emergiu a sua vontade de se envolver na sistematização e preservação de arquivos nacionais e estrangeiros (Idem, p. 150). Colaborou e, nalguns casos, auxiliou a fundação de arquivos africanos como o de Luanda, Moçambique e São Tomé, e asiáticos como o macaense. Teve ainda um papel activo na organização dos acervos bibliográficos da Sociedade de Geografia. Da sua ligação ao meio arquivístico sobressaiu outra vertente associada às suas publicações. Como o próprio confessou, era sua "missão" disponibilizar e dar a conhecer o maior número de documentação possível, tornando-a acessível a outros investigadores para «sem saírem das suas terras - elaborar estudos sobre a acção missionária e social dos portugueses no Oriente» (A. Silva Rego, Documentação para a História..., 1947, p. VII). Surgiu neste contexto a sua obra de maior fôlego e, possivelmente, o seu maior legado. Com o apoio da Agência Geral das Colónias e do Instituto da Alta Cultura publicou em 1947 o primeiro de doze volumes da Documentação para a História das missões do Padroado Português do Oriente (12 vols., 1947-1958). Na sequência desta colecção, escreveu A História das Missões do Padroado português no Oriente (1949), um contexto historiográfico, que se pretendia completo, daquela colectânea documental. Todavia, o esforço hercúleo a que obrigava esta ambiciosa empresa levou a que o seu autor se detivesse apenas na síntese dos dois primeiros volumes da Documentação. Neste âmbito, participou e coordenou ainda várias obras colectivas, de que é representativa a compilação dos Documentos sobre os portugueses em Moçambique e na África Central 1497-1840. Esta publicação dependeu da habilidade diplomática de Silva Rego em agilizar a colaboração com instituições africanas e do apoio da recém-criada Fundação Calouste Gulbenkian (E. Axelson, ibidem, pp. 56 e 57).

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