Como notou Judite Freitas, a obra de Silva Rego pode inscrever-se na linha da Escola Metódica (J. Freitas, "Perspectivas Históricas...", 2006, p. 87). A heurística ocupou um lugar primacial nos seus trabalhos, advertindo que o historiador não deveria deixar «nada por investigar» (A. Silva Rego, "Da imparcialidade...", 1962, p. 150). Dedicou-se, por isso, à elaboração de colectâneas documentais, ao trabalho de edição de fontes e análise documental. Coordenou, além da obra supra mencionada, vários roteiros de fontes como As Gavetas da Torre do Tombo (1960-1977), A documentação ultramarina portuguesa (1960-1967) ou o Manuscritos da Ajuda: Guia (1966-1973). A atenção que deu às fontes impulsionou a necessidade pioneira de elaborar regras paleográficas de transcrição de documentos, utilizando como modelo normas internacionais europeias, como o próprio declarou (A. Silva Rego, Documentação para a História..., 1947, p. VIII).

Silva Rego trabalhou em estreita colaboração com as principais instituições académicas e culturais portuguesas, entre elas o Arquivo Histórico Ultramarino, o Centro de Estudos Políticos e Sociais do ISCSPU, a Academia Portuguesa da História, a Sociedade de Geografia e órgãos governamentais como a Junta de Investigações Científicas do Ultramar, que viria, posteriormente, a dar origem ao recentemente extinto Instituto de Investigação Científica Tropical (1979-2015). Em torno da sua figura reuniram-se renomados historiadores, movimentando-se no âmago de redes de especialistas internacionais em história da expansão e da presença portuguesa no mundo na época moderna e que lhe reconheceram o prestígio, como Charles Boxer, com quem terá feito várias viagens, nomeadamente pela Índia (C. Boxer, "Uma carta...", 1991, p. 81). Promoveu ainda a internacionalização da historiografia portuguesa e a cooperação entre os seus contactos externos e instituições nacionais. A assistência presente no dia da inauguração do Centro de Estudos Históricos Ultramarinos, composta por personalidades como Eric Axelson, Charles Boxer, Elaine Sanceau, Damião Peres, Armando e Jaime Cortesão e General Teixeira Botelho, é ilustrativa deste facto (E. Axelson, ibidem, p. 55). Em Portugal podemos vê-lo associado a um círculo de autores que incluíam Jorge Moser, Adriano Moreira, Virgínia Rau, Torquato de Sousa Soares, António Brásio, etc.

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