Silva Rego lembrou que o historiador se deveria «despir dos seus preconceitos, não só pessoais, mas também sociais» (A. Silva Rego, "Do tempo...", p. 13), mas reconheceu, também a complexidade desta tarefa, pois «o homem dificilmente pode subtrair-se à poderosa influência da sua personalidade e outros factores externos» (A. Silva Rego, "Da imparcialidade...", p. 148). Não sendo certo que não tenha havido apropriação das suas obras para efeitos políticos, nem a assunção de um apartidarismo por parte de Silva Rego, mais que isso, a leitura dos seus textos exibe um devoto historiador, mas também um historiador-devoto. Por vezes, o seu pensamento histórico confunde-se com o do homem religioso, o padre, marcado pela sua formação missionária, impelido pela causa da defesa da acção da igreja católica ao longo da História, nomeadamente no contexto da expansão portuguesa. Com isto, pretendia atingir o pleno, alcançando também «um reatamento no sentido académico do termo das relações entre o Estado português e a teologia» (J. Madeira, ibidem, 2006, p. 133).

António da Silva Rego integrou e presidiu as principais sociedades científicas e culturais portuguesas da sua época. Tornou-se sócio da Sociedade de Geografia de Lisboa em 1937, membro efectivo e vogal da secção de História, em 1946 e, posteriormente, integrou e presidiu as subcomissões indiana, asiática e macaense. Foi ainda director da biblioteca desta instituição (1966) e, posteriormente, seu vice-presidente (1974 e 1983). Integrou a Academia Portuguesa da História em 1951 e, em 1955, foi-lhe atribuída a cadeira nº 18. Posteriormente, ocupou a vice-presidência por duas vezes (1963-1972 e 1975-1983) e a presidência do Conselho Académico (1972-1975). Em 1983 foi nomeado seu presidente de honra. Membro correspondente da Academia das Ciências de Lisboa (1962), participou ainda na fundação da Academia Internacional da Cultura Portuguesa e da União das Comunidades de Cultura Portuguesa (1965). O Estado português concedeu-lhe a honra de Grande-Oficial da Ordem do Infante D. Henrique a 24 de Março de 1962 e a Universidade Técnica de Lisboa atribuiu-lhe o Doutoramento Honoris Causa em 1966.

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