A sua concepção de história está já anunciada no discurso que proferiu em 1890 na capela da Universidade a propósito das exéquias de D. João III e encontra-se fixada na sua «primeira tentativa histórica» (1894), espelhando-se bem nas recensões críticas que efectuou a obras de história (1896). A entrada na Faculdade de Letras (1911), dedicando-se em exclusivo ao ensino e investigação da História, embora conservando-se sacerdote activo, cimentou e ampliou no contexto cultural vigente um método e uma teoria da história que prevaleceram ao longo de gerações na Faculdade, como acima referimos, assim como no desenrolar da acção do Instituto de Estudos Históricos (IEH), instituição nascida em 1911 nas Faculdades de Letras para a investigação histórica, reduzida depois em Coimbra, a partir de 1925, à actividade do Grupo de História. Foi AV que introduziu o regime de Seminários, que funcionavam no Arquivo, que dirigia, e neste e no IEH prepararam os estudantes, sob a sua orientação, múltiplos trabalhos que depois foram publicados por quem os dirigiu.

Em História, a verdade procura-se e nem sempre se encontra, por mais que se aumentem os vestígios, que nunca foram, com AV, apenas os que ficaram escritos. Foi ele que não só instituiu «o ensino da Epigrafia e da Numismática, e restaurou o da Paleografia, da Diplomática e da Esfragística, renovando o brilho dos tempos em que, há mais de um século, o grande João Pedro Ribeiro aqui as ensinou» (Damião Peres, «Prof. Doutor António de Vasconcelos», 1941, p. 7), mas também praticou a Arqueologia (havendo sido presidente da secção de Arqueologia do Instituto), como revelam tantos dados novos inscritos nos seus trabalhos. Ciências então ditas auxiliares da História, com as quais renovou os estudos históricos, permitindo-lhe uma minuciosa exactidão dos factos, lembrando por vezes o cerimonialista, que também era.

«A exposição rigorosa dos factos, como lei suprema do historiador», vinha já de L. von Ranke (1795-1886). AV, que conhecia bem a metodologia da história eclesiástica, não podia deixar de ser influenciado, ao decidir-se pela História, depois da Filologia, pelas correntes alemãs do seu tempo (encontrando em Coimbra, como colega, Carolina Michaëlis) e pelo positivismo, sendo este já objecto de largas contestações quando inicia as publicações maiores. Ao mesmo tempo, evoca Cícero e tem presente a lição de Herculano (1810-1877) quanto à verdade historiográfica.

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