A República esteve na origem do atual Arquivo Histórico Militar, já que no decreto da organização geral do Exército publicado em 25 de Maio de 1911, o Arquivo Histórico é referido no seu artigo 267, nos seguintes termos: “O Arquivo Histórico terá por atribuições a guarda e catalogação de todos os documentos históricos relativos às campanhas em que tenha tomado parte o nosso exército e às guerras coloniais, bem como de todos os que, de futuro, possam ter interesse sob o ponto de vista bibliográfico-militar”. E logo acrescenta no seu parágrafo 2º: “A organização do arquivo histórico será fixada em diploma especial”. Por esta razão, o quadro de pessoal era omisso em relação ao arquivo histórico. A espera pelo diploma especial prolongou-se até 1921, quando a 4 de Outubro foi publicado o decreto 7723, como “Regulamento para o organização do Arquivo Histórico Militar”. Segundo o Regulamento, convergiam para o Arquivo Histórico “todos os documentos de natureza histórico-militar existentes nos atuais arquivos das Direções Gerais do Ministério da Guerra; no estado-maior do exército e em qualquer outra estação dependente do Ministério da Guerra; nos arquivos do Ministério das Colónias ou de qualquer outro Ministério”.

Em Fevereiro de 1923, uma comissão nomeada para proceder à organização do Arquivo Histórico Militar resolveu que para este transitassem, do arquivo da 1.ª Direção Geral do Ministério da Guerra, todos os chamados «Livros Mestres» (ou Registos de Matrícula das Unidades de 1.ª e 2.ª linhas do Exército, desde 1763, data da sua criação, até ao seu fim, em 1907), as Listas das Companhias e bem assim os 4.000 processos dos oficiais falecidos até 31 de Dezembro de 1850.

Em 25 de Fevereiro de 1924 novo regulamento foi publicado, em virtude da experiência de dois anos ter “demonstrado a necessidade e conveniência de introduzir várias alterações no regulamento para a organização do Arquivo Histórico Militar”, através do decreto 9499. Logo nesse ano, foi restituída ao Arquivo a valiosa documentação que havia saído da antiga secção histórica do Arquivo Geral do Ministério da Guerra para o Arquivo Militar, incorporado no arquivo da Inspeção Geral de Fortificações e Obras Militares, embora muitos dos mapas, cartas e desenhos de arquitetura não tivessem sido transferidos. Da 3.ª Divisão do Exército veio toda a documentação que lá existia até 31 de Dezembro de 1850, constituída por processos e documentos soltos, da época da Guerra Peninsular, das Campanhas Liberais, em especial do Cerco do Porto e, finalmente, relativos a vários acontecimentos políticos e militares do período de 1834 a 1850.

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