Por este motivo, a reordenação do que foi possível salvar e a formação do novo arquivo começou em 1756, data em que se inicia o acervo documental hoje existente no Arquivo Histórico Militar. A Carta de Lei de 12 de Junho de 1822 estabeleceu a separação das duas Secretarias de Estado, as quais foram instaladas no Palácio da Regência, no Rossio, mas, por insuficiência destas instalações, o arquivo de ambas as Secretarias permaneceu no Pátio das Vacas. No entanto, foi desde logo efetuada a sua divisão em dois arquivos distintos - o diplomático e o militar - separação que provocou certa desordem por se ter inutilizado o inventário existente.

Findo o conflito das lutas liberais, em 1834, foi determinado que no arquivo da Ajuda fossem incorporados o “arquivo moderno” da Secretaria da Guerra correspondente ao período de 1820 a 1833, o “arquivo da Secretaria da Guerra dos Liberais” relativo à época do Cerco do Porto (1832-33), o “arquivo da Terceira” do período do Governo Constitucional dos Açores, os arquivos das extintas Inspeções Gerais de Infantaria e de Cavalaria, ambas criadas no século XVIII e finalmente o arquivo do extinto Conselho de Guerra, como veremos.

Em 1845 o arquivo instalado no Palacete do Pátio das Vacas foi removido, apressada e desordenadamente, para o piso inferior do Palácio da Ajuda e, em 1862, para o edifício do Jardim Botânico. Extinta a Oficina ou Fábrica de Refinação do Salitre, em Alcântara, resolveu o Ministério da Guerra, em Julho de 1877, aproveitar a maior parte do edifício para sede do Arquivo Geral, determinando-se desde logo que a remoção começasse pelo Arquivo existente no Jardim Botânico (o histórico) seguindo-se-lhe, em 1878, parte do instalado no Terreiro do Paço (a outra parte, a principal e de imediata necessidade para o serviço da Secretaria da Guerra, foi transferida para o edifício do Arsenal da Marinha). Data, portanto, de 1878 a incorporação do arquivo administrativo da Secretaria da Guerra (1833 a 1877) no importante Arquivo da Ajuda (1640 a 1833), junção feita sem qualquer critério pelo que daí em diante a desordem foi constante. Com o estabelecimento da linha férrea de Lisboa a Torres Vedras, o edifício do Arquivo foi vendido à companhia concessionária da linha. Devido à urgência de construir a estação de Alcântara, foi o arquivo transferido para a ala sul do antigo Palácio dos Condes de Resende, no Campo de Santa Clara, iniciando-se a mudança em 28 de Novembro de 1884 e com um prazo de 10 dias.

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