Para Santa Clara foi também transferido, em Janeiro de 1885, o arquivo administrativo que se encontrava no edifício do Arsenal da Marinha desde 1878. Por Portaria de 26 de Dezembro de 1891, foi nomeada uma Comissão com a incumbência de proceder à escolha e classificação dos documentos de valor histórico, discriminando os que devessem ser conservados ou inutilizados ou, ainda, de entre os primeiros, quais os que conviria publicar, deixar no Arquivo do Ministério da Guerra, transferir para a Torre do Tombo ou para outros Arquivos e Bibliotecas Públicas.

O mais antigo arquivo relativo exclusivamente a assuntos militares é o resultante da criação do Conselho de Guerra em 11 de Dezembro de 1640, com Regimento de 22 de Dezembro de 1643, para se ocupar dos assuntos militares, nomeadamente, organização do exército e da armada, nomeação dos oficiais de patente, fortificações, projetos de operações, justiça militar e disciplina. Após a criação da Secretaria de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra em 1736, a importância do Conselho de Guerra ficou muito limitada, tendo, no entanto, continuado a ter funções consultivas até 1834. Contudo, o arquivo do Conselho de Guerra ficou sob a alçada da Secretaria de Estado e foi instalado, após o terramoto de 1755, juntamente com arquivos de outras proveniências, no atrás citado Palácio do Pátio das Vacas, na Ajuda. Seguindo o percurso dos arquivos em que se integrou, o arquivo do Conselho de Guerra só conheceu um destino diferente quando, em 1865, por portaria do Ministério do Reino de 22 de Junho, foi ordenado o início dos trabalhos da sua inventariação e transferência para a Torre do Tombo. Para os efetuar, foi nomeado Cláudio Chaby, vindo a respetiva documentação a ser transferida e enviada para a Torre do Tombo, onde hoje se encontra, em 14 remessas, entre 1868 e 1889.

Em 20 de Julho de 1802, o Príncipe Regente, futuro D. João VI, criou o posto de Inspetor das Fronteiras e Costas Marítimas, a quem deu a missão de “examinar cuidadosamente o estado das fronteiras e costas marítimas, propor os planos de defesa que parecerem mais apropriados, levantar cartas e mapas militares das praças, torres e posições que forem ordenadas”. Pouco depois, por decreto de 4 de Setembro do mesmo ano, o Príncipe Regente estabeleceu o Arquivo Militar (Archivo Militar, na grafia da época).

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