Do Governo do Forte de S. Julião da Barra, recolheu a documentação que abrangia o período de 1802 a 1850, tendo desaparecido a do ano de 1817, referente ao general Freire de Andrade. Foi também transferida, da 1.ª Direção Geral do Ministério da Guerra, documentação anterior a 1850 e todos os Livros de Ordens Regimentais anteriores a 1 de Janeiro de 1900.

Já depois do 28 de Maio de 1926, e por decreto de 18 de Dezembro de 1928, cessou a existência do Arquivo do Corpo Expedicionário Português, que estava na dependência da 3ª. Direção Geral do Ministério da Guerra, passando todos os documentos a ficar sob a responsabilidade do Arquivo Histórico Militar. Por determinação da Repartição do Gabinete do Ministro, de 30 de Abril de 1930, as fotografias dos oficiais do Exército falecidos, existentes no Arquivo Fotográfico da Repartição do Gabinete do Ministro, passaram a ser enviadas ao Arquivo Histórico Militar, logo que em Ordem do Exército fosse publicado o seu falecimento. Em 1948, foi entregue ao Arquivo Histórico Militar, restituído pelo Governo Brasileiro, o chamado Arquivo Militar de Lisboa, acervo de documentos da época do Conde de Lippe, e outros dos séculos XVII, XVIII e XIX, que D. João VI levara para o Rio de Janeiro. Em 1951, o Arquivo Histórico Militar foi transferido de Santa Clara para as instalações que atualmente ocupa no 1.º, 2.° e 3.º pisos da ala Leste do edifício do Estado-Maior do Exército, em Lisboa. Só em 1973 foi aprovado o novo regulamento do AHM, pelo decreto 123/74 de 24 de Março, o qual adaptou o serviço à orgânica militar vigente e formalizou a existência de um gabinete técnico. Também regulamentou de forma mais precisa a publicação anual do Boletim do Arquivo Histórico Militar.

Os fundos documentais que tinham sido acumulados pelo Ministério da Guerra provinham da antiga Secretaria de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra, constituída por alvará de 28 de Julho de 1736, instituição da qual passaram a emanar todos os assuntos de carácter diplomático e militar. Tinha a sede no Paço da Ribeira, pelo que, com o terramoto e incêndio de 1 de Novembro de 1755, o seu arquivo perdeu muitos dos documentos que continha e é de supor que outros desapareceram devido à transferência, sem dúvida precipitada, para o Palacete do Pátio das Vacas, na Calçada da Ajuda.

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