No mesmo sentido convergiu a criação da insígnia e do selo do Instituto (que se manterão alternadamente na capa ou na contracapa da publicação doravante), definidos em sessão de 18 de Outubro de 1940. Consiste “[n]um disco de prata com doze quinas de azul carregadas, cada uma, de cinco besantes de prata, da forma e na disposição do sinal rodado de D. Afonso Henriques. (…) Este emblema é acompanhado exteriormente de dois ramos de louro de sua cor, cruzados em ponta e atados de ouro”, conforme o mesmo autor se encarrega de elucidar no segundo número da revista. A ligação afonso-henriquina, intrinsecamente genética, patriótica, nacionalista e providencialista, conotaria a revista e o seu ideário com o Estado Novo, em coerência com as simpatias políticas do seu principal dinamizador, embora a integridade dos textos e a validação científica dos artigos pareça sempre ter sido respeitada, conforme se indica logo após a ficha técnica de todos os 8 números.
No tocante ao primeiro ponto, a "necessidade de agremiar os amigos do Museu Etnológico, tão injustamente atacado" pela Associação dos Arqueólogos do Carmo, coordenada por Mendes Correia, constituiu outra das razões invocadas pelo futuro director da Faculdade de Letras de Lisboa. Seguindo Carlos Valentim (“Heleno (Júnior), Manuel Domingues, Dicionário dos Historiadores Portugueses), pode ver-se nesta agremiação, por um lado, a constituição de uma escola de pensamento arqueológico que se opunha à existência de afinidades negroides e australóides com os povos dos concheiros de Muge, por oposição à influência do elemento africano na gestação da nacionalidade portuguesa, defendida por Mendes Correia; por outro, a manifestação institucional de um projecto pessoal de poder por parte de Manuel Heleno que, estando inequivocamente próximo de Leite de Vasconcelos, lhe sucedeu na direcção do Museu Etnológico, reservando para si amplos poderes de autorização e execução de expedições de prospecção e investigação arqueológicas. Esta discricionariedade terá coarctado iniciativas arqueológicas provenientes de sectores da disciplina dotados de uma visão distinta da de Manuel Heleno que, de resto, invocará sempre “a defesa do património arqueológico da Nação”, título de um seu artigo da edição de 1965. O IAHE e a revista Ethnos, criados no auge da polémica, serão as tribunas científicas do grupo do Museu Etnológico encabeçados por Heleno e tutelados, honorificamente, pelo magistério científico de Leite de Vasconcelos.