Nunca foi conhecida a sua inclinação política, nem antes nem depois de 1974. Os alunos referem a “sua superioridade em relação ao regime” e a força de caráter para impedir a presença de agentes da Polícia Internacional e de Defesa do Estado (PIDE) nas suas aulas. Neste sentido, Fernando Dacosta descreve o professor como não sendo “nem ortodoxo, nem heterodoxo, mas sim um paradoxo”, alguém que procurava “analisar uma parte da realidade e depois o seu contrário” (Idem, p. 141-142; 182). Politicamente, Ramalho Eanes considera que “estava disponível para dialogar com todos, fossem de direita ou de esquerda”, mas Medeiros Ferreira inclina-se a considerá-lo “um homem de esquerda” (Idem, 348-349; 364). Em 1976, foi convidado, “a pedido de Vítor da Cunha Rego (braço direito de Mário Soares)” para fundar o núcleo de uma efémera Fundação de Ciências Políticas, que arrancou no ano seguinte, com o apoio de Bernardino Gomes (Partido Socialista), Francisco Pinto Balsemão e Manuel Castelo Branco (Partido Social Democrata). Sabe-se agora que foi convidado em 1978 para o cargo de Ministro da Educação, para substituir Sottomayor Cardia, não sendo conhecidas as circunstâncias deste convite, recusado em razão da sua saúde frágil. Sem ocupar qualquer cargo, o seu conselho foi demandado pelo Presidente Ramalho Eanes (1976-1986) (Idem, pp. 330; 350-ss).

Destaca-se a eleição como sócio correspondente da Academia Portuguesa de História (1967), o Doutoramento Honoris Causae (1981) pela Universidade de Lisboa e a condecoração como grande oficial da Ordem da Torre e Espada, do Valor, Lealdade e Mérito (1983), concedida pelo Presidente da República, em reconhecimento do seu valor como educador e intelectual.

Com uma saúde excessivamente débil, que não raras vezes o manteve em convalescença, nunca se impediu de honrar os seus cometimentos até ao diagnóstico da doença de Parkinson. Abdicou progressivamente das tarefas intelectuais, abandonando até 1983 todos os cargos, e faleceu dois anos depois, no Hospital de Santa Maria (Lisboa).

Foi consagrado para a posteridade por Vasco Berardo, numa estátua inaugurada em 2005 na Sertã. No mesmo ano, realizou-se o colóquio internacional “Padre Manuel Antunes (1918-1985) – Interfaces da Cultura Portuguesa e Europeia”, que permitiu o reencontro de antigos alunos, colegas e amigos. Foi ainda fundado o Instituto Europeu de Ciências da Cultura com o seu nome, numa parceria entre a Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa e a Escola Superior de Artes Decorativas da Fundação Ricardo Espírito Santo.

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