Em 1938, transitou para o Junioriado, um ciclo de preparação intelectual, normalmente com a duração de três anos, iniciado com formação bianual em Humanidades, que o futuro padre concluiu em apenas um. No primeiro ano, cumprido no Convento da Costa (Guimarães), Manuel Antunes teve por professor de Literatura Portuguesa o Padre Lúcio Craveiro. De acordo com o seu depoimento, Manuel Antunes já nessa época sobressaía: “De todos os alunos do curso era o que escrevia melhor, chegando a publicar um artigo na revista Brotéria”, a revista da Companhia. Nestas aulas, os alunos liam “muitos livros” para “apresentar a sua opinião sobre os mesmos, o que proporcionava diálogos magníficos entre professor e alunos”, momento fundamental para o futuro crítico literário (cit. Idem, p. 37). Na sequência, realizou o segundo e derradeiro ano do Junioriado na área de Ciências, no Seminário dos Jesuítas de Braga.

Prosseguiu para uma nova fase na educação jesuíta, que compreende duas formações, uma em Filosofia e outra em Teologia. Em 1943 licenciou-se em Filosofia no Instituto Beato Miguel de Carvalho (desde 1947, Pontifícia Faculdade de Filosofia, e atual Faculdade de Filosofia de Braga da Universidade Católica) com a dissertação Panorama da Filosofia existencial de Kierkegaard a Heidegger, documento desaparecido, mas parcialmente restituído pelos artigos publicados na Brotéria. Entre 1943 e 1946 optou por prosseguir para o Magistério, uma etapa relacionada com o amadurecimento espiritual, geralmente ocupada com docência ou missionação. Assumiu a primeira experiência professoral no Seminário da Costa em Guimarães, durante quatro anos, onde, com o estatuto de estagiário, ensinou Retórica Latina, Língua Grega, Língua e Literatura Gregas, Retórica e Humanidades Latinas no chamado Curso Superior de Letras (após o Noviciado).

Por último, a Ordem dava a possibilidade de os seus formandos fazerem pelo menos um curso superior no estrangeiro; Manuel Antunes foi enviado para a Faculdade de Teologia de Granada (Espanha), onde em 1949 recebeu a ordenação sacerdotal, finalizando no ano seguinte a primeira fase da sua formação teológica, com nota máxima. Completou esta formação teológica e espiritual em Namur (Bélgica), cumprindo o ano da chamada Terceira Provação num retiro probatório com um grupo internacional.

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