Em 1960, estreou-se com Ao encontro da palavra: ensaio de crítica literária (Livraria Moraes), uma coletânea de artigos de filosofia, literatura e sociologia da cultura. Com pendor filosófico e teológico, editou, no mesmo ano, Do espírito e do tempo (Editora Ática). Divulgaram-se, em separata da Brotéria, O mundo de hoje e a religião (1964) e Função da teologia no mundo de hoje (1967, com pseudónimo Carlos Outeiro Cruz).

A partir dos anos 1970, as suas monografias focaram temas da atualidade política, educativa e literária. Deste modo, em 1972 foram dados à estampa Indicadores de civilização (Editorial Verbo), Educação e sociedade (Editora Sampedro), e Grandes derivas da história contemporânea (Edições Brotéria); no ano seguinte, Grandes contemporâneos (Editorial Verbo); em 1979, a obra de intervenção cívica, Repensar Portugal (Editora Multinova); e, em 1980, a última publicação em vida, Occasionalia: homens e ideias de ontem e de hoje (Multinova).

Todos os seus escritos publicados e inéditos foram compilados e trazidos de novo a lume desde 2005, numa edição crítica das suas Obras Completas, em sete tomos e num total de catorze volumes, abrangendo áreas temáticas (Fundação Calouste Gulbenkian). O derradeiro tomo comporta uma biografia e os detalhados índices remissivos.

Não se identifica uma obra historiográfica marcante, mas sim a consolidação de um pensamento com um viés histórico. Como confirma Luís Reis Torgal, “não sendo propriamente um historiador”, o padre Manuel Antunes “terá um significado especial no domínio do ensino da história da cultura, para além de ter feito reflexões muito interessantes na área da história da cultura” (“A história em tempo…”, História da história…, 1998, p. 295). Vislumbrada a sua ação multíplice, a obra é assinalável em três campos: história contemporânea, história da literatura portuguesa e história da cultura clássica.

O engajamento constante de Manuel Antunes na reflexão política ultrapassou as incumbências de um jesuíta e essa perspetiva, plasmada na Brotéria e nas monografias, foi considerada por Mário Sottomayor Cardia como uma página essencial da história da receção do marxismo em Portugal. Foi, ao mesmo tempo, problematizador e testemunha da sua contemporaneidade (Um pedagogo…, 2011, pp. 246-263).

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