Influenciado pela historiografia marítima e naval anglo-saxónica, em que os conceitos e a cronologia são determinados pelo almirante Alfred T. Mahan (1840-1914), autor de The Influence of Sea Power upon History 1660-1783 (1890), para Almeida d’Eça a História Marítima não era uma sucessão de guerras navais, nem tão-pouco uma narrativa sobre essas guerras, ainda que fosse interessante analisar esses confrontos no mar do ponto de vista da tática, da estratégia e da arte naval. Tais guerras, contudo, seriam o resultado da ação da política externa e marítima de um Estado. Ainda no ano de 1885, Almeida d’Eça publicou uma obra de cariz literário, certamente produto das suas vivências na juventude, nas longas viagens marítimas que empreendeu por diferentes locais e partes do mundo: Contos sem Cor.

Almeida d’Eça acumulou, com as funções de professor, o cargo de diretor da Biblioteca da Escola Naval (1885-88). Veio a integrar inúmeras comissões, entre as quais a encarregada de propor as disciplinas do curso teórico para mestre de cada uma das oficinas do Arsenal da Marinha (1887) e a comissão que teve por objetivo a apresentação de um projeto de reorganização do pessoal e dos serviços logísticos da Marinha (1887). A participação nestas comissões viria a resultar na publicação de estudos técnicos que constituem uma importante fonte para o estudo do ensino e da organização dos serviços da Marinha de Guerra Portuguesa: A Organização da Marinha de Guerra e as últimas reformas (1890) e Nota sobre os Estabelecimentos de Instrução Naval em Portugal, principalmente sobre a Escola Naval (1892). As publicações desses textos não devem ser dissociadas da sua colaboração nos Anais do Clube Militar Naval, onde publicará para cima de três dezenas de artigos, a maior parte dos quais sobre temas em discussão no seu tempo que se relacionavam com os navios de guerra, o armamento, o recrutamento, o ensino naval e o Direito Marítimo. Os seus estudos iniciais denunciam a utilização do denominado método regressivo, em voga no final do século XIX. Na verdade, depreende-se que Almeida d’Eça se interessou, desde muito cedo, pelo estudo da História da Marinha e pela História Marítima, partindo de uma narração de síntese dos factos contemporâneos, retrocedendo, em seguida, para épocas mais recuadas, para reconstituir a história a partir da realidade coeva que lhe era familiar.

Em 1890, promovido a capitão-tenente, é nomeado comissário régio junto da Companhia da Mala Real e pouco depois (1891-1892) exerce o cargo de chefe de gabinete de Júlio Vilhena, Ministro da Marinha.

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