Já em 1892 é novamente nomeado comissário régio na Companhia de Inhambane e é eleito deputado pelo Partido Regenerador, por Paredes. É reeleito em 1894 por Fafe, e em 1908 por Braga. Durante duas sessões exerceu o cargo de secretário da Câmara dos Deputados e integrou várias comissões. Nomeado vogal da Comissão de Inquérito aos estabelecimentos de carácter religioso e casas de ensino (1893), a sua atividade parlamentar seria marcada, todavia, pela intervenção na discussão dos assuntos de natureza marítima e naval. Promovido a capitão-de-fragata (1901) e a capitão-de-mar-e-guerra (1907), com a implantação da República integra os trabalhos da revisão do convénio entre Portugal e Espanha (1913) sobre as políticas costeira e da pesca. A promoção à mais alta patente da Marinha Portuguesa - vice-almirante em 1918 - atestava o reconhecimento das chefias militares, e do Estado português, de uma longa carreira que tinha desenvolvido como professor de Direito Internacional, historiador e colonialista, deputado, membro da Academia das Ciências de Lisboa, oceanógrafo, a par do prestígio que os seus estudos e a sua atividade científica lhe tinham granjeado no meio académico nacional e internacional.

A maior parte da carreira de Almeida d’Eça é dedicada ao ensino, sendo nessa perspectiva que se deve analisar a produção dos seus estudos no campo da História e da Geografia. A sua atividade enquanto professor vai mesmo extrapolar a Escola Naval, como membro de júris de exames nas disciplinas de História, Geografia e Inglês nos liceus nacionais do Porto, Guarda, Viseu, Aveiro e no Liceu Central de Lisboa (1887-1888). E como autor e divulgador de temas de história, geografia e línguas estrangeiras, através da Biblioteca do Povo e das Escolas, uma coleção popular constituída por diferentes matérias e disciplinas, destinada a um vasto público, do editor David Corazzi, que tinha como objetivo a “educação científica do povo”, para alcançar o progresso e a civilização. Almeida d’Eça foi autor de sete títulos: O Mar (1883); dois com objetivos didáticos ao nível linguístico: Gramática francesa (1883) e Methode francês (1884); e quatros livros que traduzem o seu interesse pela História Marítima e a Geografia, centrada na época dos Descobrimentos: História Marítima (1884), Viagens e Descobrimentos Marítimos (1885), Viagens e Descobrimentos Terrestres (1886), Viagens e Descobrimentos Marítimos dos Portugueses (1889). Neste último ano é convidado a reger a disciplina de Geografia no Liceu de Lisboa.

Na sua extensa e variada obra destacam-se quatro áreas: a História Marítima, o Direito, com especial enfâse no Direito Internacional, a História da Geografia e a Geografia, e os estudos coloniais.

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