Em sentido inverso, a explicação para decadência colonial teria de ser encontrada no enfraquecimento da marinha e na ausência de uma política que desse primazia aos assuntos do mar, aos seus portos e à atividade marítima.

Almeida d’Eça dividia a história da Marinha portuguesa segundo a tipologia dos navios utilizados em cada época: a) marinha dos galés, navios empregues na defesa do Reino nos séculos XIII -XIV; b) a marinha das embarcações/barcas, navios que serviram para o comércio e conquistas em África no século XV; c) a marinha das caravelas, um dos navios mais emblemáticos das viagens dos Descobrimentos; a marinha das naus redondas, das conquistas da Índia no século XVI e da navegação para o Brasil no século XVII; e) a marinha das naus de linha das guerras napoleónicas no séc. XVIII; f) a marinha das corvetas, navio fundamental para a repressão do tráfico de escravos no século XIX); g) a marinha das canhoneiras, utilizada na vigilância das colónias século XIX; h) finalmente, a marinha dos cruzadores, utilizados nos serviços gerais no século XX. Ao esboçar este modelo interpretativo, abria o caminho para uma análise em História Marítima, que integrasse a história da Marinha portuguesa e outras áreas mais técnicas como a cosmografia, a náutica, a cartografia, a legislação sobre o comércio marítimo, a organização das marinhas de guerra e comércio. Interpretação a que não eram alheios os contributos dos estudos de outros oficiais da Marinha. De facto, a rede de oficiais na Marinha Portuguesa à volta do Clube Militar Naval e da sua revista, Anais, iria adensar-se na passagem do século XIX para o século XX: entre outros, Baldaque da Silva, Ernesto de Vasconcelos, João Braz de Oliveira e Henrique Lopes de Mendonça. Almeida d’Eça integrou esta geração de oficias da Marinha, que, com uma abundante produção escrita, presente em revistas como os Anais do Clube Militar, o Boletim da Liga Naval e o Boletim da Sociedade de Geografia, ou as Memórias da Academia das Ciências, reivindicava o papel de Portugal como potência marítima e colonial e pensava o ressurgimento naval português em função de uma vocação marítima, que se devia traduzir no desenvolvimento de atividades como a pesca, o comércio marítimo, a cabotagem, os desportos náuticos, o reforço da Marinha Mercante.

Nas suas Lições de História Marítima Geral, Almeida d’Eça segue de perto Mahan, quer no uso dos conceitos e metodologia, quer nos temas que centram as abordagens, nomeadamente o domínio dos mares pelos holandeses no século XVII, as reformas da marinha francesa por Colbert, ou os conflitos no mar que se estendem do século XVIII ao início do século XIX.

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