O “oficial de mar” não poderia ser o rude marinheiro dos tempos ancestrais, mas um cidadão culto, atento aos problemas da sociedade do seu tempo. Versado em astronomia, física e matemática, mas também em história, literatura e geografia, o oficial da Marinha poderia desempenhar múltiplos cargos, para os quais deveria estar preparado: serviços de administração, na Marinha ou no Ultramar, nas indústrias marítimas, na navegação mercante, nas pescarias. Para Vicente Almeida d’Eça, que procurava constantemente exemplos na História, Afonso de Albuquerque fora dos poucos capitães-mores que bem poderia encontrar-se na linha dos “oficiais de mar” dos tempos modernos, ao reunir características do saber de comando e de mar, manobra e navegação.

Ao longo da sua vida exerceu cargos académicos de relevo e integrou várias instituições académicas e científicas: vogal e um dos vice-presidentes do Conselho Geral da Liga Naval Portuguesa, sócio honorário da Academia de Estudos Livres, sócio correspondente do Instituto de Coimbra, da Sociedade de Estúdios Geográficos e Históricos de Santa Cruz da Bolívia, da Sociedade Geográfica da Colômbia e da Academia de Ciências de Lisboa. Como cargos de direção, assinala-se o de diretor interino da Escola Naval (1919), Presidente da Sociedade de Geografia de Lisboa (1922 a 1924) e Diretor da Escola Colonial (1925).

Bibliografia activa: Luís de Camões Marinheiro: Estudo, Lisboa, Empreza Horas Românticas, 1880; Historia Marítima, Biblioteca do Povo e das Escolas, Lisboa, David Corazzi, 1884; Do Exercício da Pesca Marítima: Questões de Direito Internacional, Dissertação para o Concurso à Quinta Cadeira da Escola Naval, Lisboa, Tipografia Souza Neves, 1885; Viagens e Descobrimentos Marítimos, Biblioteca do Povo e das Escolas, 115, Lisboa, David Corazzi, 1885; Viagens e Descobrimentos Terrestres, Biblioteca do povo e das escolas, 133, Lisboa, David Corazzi, 1886; Viagens e Descobrimentos Marítimos dos Portugueses, Biblioteca do Povo e das Escolas, 166, Lisboa, Companhia Nacional Editora, 1889; A Organização da Marinha de Guerra e as Últimas Reformas, Lisboa, Tip. Stereotypia Moderna, 1890; Nota Sobre os Estabelecimentos de Instrução Naval em Portugal, Principalmente Sobre a Escola Naval, Lisboa, Imprensa Nacional, 1892; O Infante D. Henrique e a Arte de Navegar dos Portugueses, Conferência feita em 19 de Fevereiro 1894 no Clube Militar Naval na comemoração do Centenário Henriquino, Lisboa, Férin, 1894;

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