Entre os trabalhos mais representativos encontram-se: Luís de Camões Marinheiro (1880); Lições de História Marítima Geral (1895); O Infante D. Henrique e a Arte de Navegar (1896); Noções elementares de Geografia, Chronologia e Chorographia de Portugal (1896).

Na conferência que profere na Liga Naval Portuguesa, com o título “Política marítima de Portugal na Historia; suas origens e consequências”, que foi publicada em 1907 no boletim daquela Liga, inferem-se as principais linhas do pensamento historiográfico de Almeida d’Eça, relativamente à História de Portugal, centrada na sua vertente marítima. Aí privilegiava o estudo de três características num povo marítimo: a raça, a geografia e as condições económicas. A população portuguesa surgira de uma mistura de raças e povos, que remontava à formação do território português. O denominador comum dessa heterogeneidade antropológica seriam os fatores “essencialmente marítimos”, mas a agricultura, limitada pelas matas e charneca, fora importante para a autossubsistência das comunidades que povoavam o espaço português, e para exportação de produtos como o vinho e azeite.

Devedor da narrativa historiográfica liberal, Almeida d’Eça adotou as propostas do historiador Rebelo da Silva, a partir da Memória sobre a população e a agricultura de Portugal desde a fundação da monarquia até 1865, obra que acentuava a importância para o estudo da História de Portugal dos fatores demográficos e económicos, e onde seria possível apreender o conjunto de legislação e medidas que tinham desenvolvido a agricultura e o comércio ao longo dos séculos. Para Almeida d’Eça, que procurava os indícios que levaram Portugal a apostar fortemente no mar e nas atividades marítimas, uma das mais importantes lições de Rebelo da Silva a reter, era a de que a nação portuguesa “fez-se a si”. Por outro lado, autores como o Visconde de Santarém ou Oliveira Martins influenciaram a metodologia de Almeida de Eça na escrita de uma História Marítima de Portugal, como uma entidade política que, ao longo da sua História, se consolidara no mar, nas instituições que edificara e na legislação promulgada pelos seus governantes, afirmando-se nas relações externas através da diplomacia e das alianças com outras nações. O poder marítimo português, materializado nas suas marinhas de pesca, comércio e de guerra, nascera do reforço político e económico interno, chave para a expansão ultramarina. Nesta visão da História de Portugal, a sociedade portuguesa estaria, desde o início, indissociavelmente relacionada com o uso do mar.

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