A disciplina de História Marítima Geral englobaria, dessa forma, a tática naval, a manobra, o direito marítimo, e a história das pescarias (História Marítima, p. 5). Registe-se, que Almeida d’Eça coloca os seus alunos e leitores em contacto com Alfred Mahan, ao traduzir inclusive alguns trechos da sua obra clássica The Influence of Sea Power upon History, mas a História Marítima que ensinava teinha uma cronologia bastante mais abrangente, incluindo toda a história marítima portuguesa.

Temas como a Escola de Sagres, no século XV, mereceram o seu interesse. Negar a existência de uma academia henriquina em Sagres e defender que a sua institucionalização fora uma lenda, ainda que fosse uma premissa correta, teria o propósito em certos autores, segundo o lente da Escola Naval, de denegrir e diminuir a imagem do infante D. Henrique. Nos seus textos, o Infante surgia com atributos de chefia e liderança, bem como excecionais qualidades de organização e de tenacidade, que tinham possibilitado o sucesso das navegações - uma personagem em suma que contribuíra decisivamente para os tempos modernos. O Infante de Sagres rodeara-se de homens experientes nas várias disciplinas que interessavam à navegação, “Tal foi chamada a Escola de Sagres, não um instituto de ciências navais, mas um convívio de conhecimentos diversos, em que todos eram a um tempo mestres e alunos” (O Infante D. Henrique, p. 11). No que se refere ao “Plano da Índia”, Almeida d’Eça defendia que o infante D. Henrique já pensaria na esfericidade da Terra e no caminho por mar para a Índia. Todavia, esses feitos e descobertas só se tornaram viáveis através da arte de navegar e do “génio” dos portugueses, que contribuíram para os progressos técnicas da navegação através da adoção das cartas planas, da invenção do astrolábio náutico, da determinação da latitude pelo Sol, da descoberta da variação da agulha, e das tentativas de calcular o valor da longitude (Ibidem, p.13). Estabelecia, desta forma, pela primeira vez, uma visão de conjunto sobre os aspetos técnicos dos Descobrimentos. A que não foram estranhas as edições de fontes documentais inéditas de Luciano Cordeiro (1883) e Sousa Viterbo (1892).

Almeida d’Eça propunha-se “liquidar de uma vez para sempre” o problema historiográfico relacionado com Fernão Magalhães, que considerava um problema de “psicologia histórica” (Fernão de Magalhães, p. 4). Num texto em forma de diálogo, tendo por base fontes conhecidas da época – Jerónimo Osório, João de Barros, Gaspar Correia, Faria e Castro, Luís de Camões – refere que “só três nomes da epopeia, mais grandiosa, dos Descobrimentos Portugueses” acompanhavam Fernão de Magalhães: o infante D.Henrique, Bartolomeu Dias e Vasco da Gama.

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