Nos meados dos anos cinquenta Armando Cortesão iniciou os trabalhos preparatórios da monumental obra Portugaliae Monumenta Cartographica (Lisboa, 1960): Sabendo-se que Luís de Albuquerque colaborou na sua execução, desconhece-se exatamente em que termos e até que ponto, como sucede aliás com outros colaboradores da equipa da equipa reunida por Cortesão, com exceção de Avelino Teixeira da Mota, cuja proeminência foi tal que assumiu a co-autoria e acabou por ser o principal responsável pelos últimos volumes. A obra em si perdura como um marco na disciplina, a ponto de David Woodward a considerar sem paralelo, apesar de ser ele próprio co-responsável (com John Brian Harley) por uma revolução epistemológica na História da Cartografia que desactualizou a matriz que enformara a realização dos PMC. Trata-se todavia em si mesmo de um monumento, como os monumentos cartográficos que estuda.

Um dos efeitos mais duradouros do labor dessa equipa resultou na institucionalização do trabalho científico na área da História da Cartografia – uma novidade para o tempo em Portugal – com a criação do Agrupamento de Estudos de Cartografia Antiga da Junta de Investigações do Ultramar (em duas secções). Em 1961 surge a Série de Separatas do Agrupamento de Estudos de Cartografia Antiga da Junta de Investigações do Ultramar, que é inaugurada pela Secção de Lisboa do Agrupamento com um trabalho de Teixeira da Mota (A. T. Mota, Cinco Séculos de Cartografia das Ilhas de Cabo Verde, 1960)e pela de Coimbra com o estudo de Luís Albuquerque intitulado Os Almanaques Portugueses de Madrid (1961).

Esta Série, da qual foram publicados 249 títulos, conhecida por "separatas verdes" (em alusão à cor da capa), consistia na tiragem à parte de artigos publicados em revistas nacionais e internacionais, sobretudo em torno da Cartografia Náutica e da História da Náutica, tornar-se-á numa das colecções de publicações portuguesas de maior projecção internacional. O Agrupamento vir-se-ia a denominar Centro, e depois Centro de Estudos de História e Cartografia Antiga, até à integração do Instituto de Investigação Científica Tropical na Universidade de Lisboa em 2015.

Enquanto Avelino Teixeira da Mota dirigia a Secção de Lisboa, Armando Cortesão e Luís de Albuquerque davam corpo à de Coimbra. Juntava-os o interesse comum pela História da Arte de Navegar, um com maior pendor para a Cartografia Náutica, outro para a Náutica propriamente dita. Uma colaboração próxima mas crítica, pois os separavam concepções profundamente divergentes em relação a aspectos chave da História da Expansão Portuguesa: bastará recordar a questão da política de sigilo, de que Cortesão foi um estrénuo defensor, na linha de seu irmão Jaime, enquanto Albuquerque afinava mais por um diapasão crítico e pouco dado a fantasias, criativas que fossem, que vinha mais na linha da intervenção de Duarte Leite na matéria. Todavia, logo nos primeiros tempos de funcionamento do Agrupamento proferiu o discurso de elogio do Apresentante, Prof. João Carrington Simões da Costa, na cerimónia de doutoramento Honoris Causa de Armando Cortesão.

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