O seu interesse pela História dos Descobrimentos, que surgira na adolescência, alargou-se na Escola Naval à náutica e à cartografia. Devoto leitor de Jaime Cortesão, Joaquim Bensaúde e António Barbosa, Teixeira da Mota "descobre", durante os seus estudos como cadete, a Marinharia dos Descobrimentos (1934) do Comandante Fontoura da Costa, e Cartografia e Cartógrafos Portugueses dos séculos XV e XVI (1935) de Armando Cortesão, duas obras que muito o irão influenciar nos trabalhos que enviará para o prelo. Seguindo o exemplo que lhe oferecia uma plêiade de oficiais-historiadores da geração anterior, e reivindicando para a Marinha um protagonismo nas problemáticas da História dos Descobrimentos, Teixeira da Mota enumera alguns pontos que pensa serem imprescindíveis para renovar os estudos sobre as navegações portuguesas nos XV e XVI: os documentos cartográficos, o estudo da náutica de outras marinhas e do magnetismo, a evolução da carta de marear, o problema da longitude na cartografia, a influência da cartografia portuguesa na de outros países.

No dia 16 de Setembro de 1943, Teixeira da Mota é aumentado ao efectivo do Corpo de Oficiais da Armada, com o posto de 2º Tenente. De seguida faz estágios de embarque em vários navios: contratorpedeiros "Dão" e "Vouga", canhoneira "Faro", navio-escola "Sagres", aviso "Afonso de Albuquerque". No ano seguinte (21 de Setembro de 1944), embarca como "oficial de guarnição" no contratorpedeiro "Lima". Uma nova etapa estava prestes a iniciar-se na sua vida: o trabalho numa administração ultramarina. De facto, em 1945 é convidado pelo comandante Sarmento Rodrigues para seu Ajudante de Campo no Governo da Guiné Portuguesa.

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