Importa integrar os estudos de Teixeira da Mota em instituições e círculos académicos que estiveram sempre presentes na sua vida científica, contribuindo a sua acção e o seu trabalho para os dinamizar. Se começou pelo Centro de Estudos da Guiné Portuguesa, que ajudou a erguer, não tiveram menos importância no seu trabalho de investigador, O Clube Militar Naval, a Sociedade de Geografia de Lisboa, o Centro de Estudos Históricos Ultramarinos, o Agrupamento de Estudos de Cartografia Antiga, que dirigiu. Pertenceu ainda à Academia Portuguesa de História, a Academia de Ciências de Lisboa, e por fim o Centro de Estudos de Marinha, que deu origem, mais tarde, à Academia de Marinha, da qual foi seu 2º Presidente. Em todas estas instituições, Avelino Teixeira da Mota encontrou apoio, revistas especializadas para escrever e divulgar os seus estudos, formas de estabelecer colaboração, grupos de discussão e obras colectivas para participar. Além de que as suas funções como professor da Escola Naval (1958-1965) e professor convidado da Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa (1965-1969), lhe dão a possibilidade de contactos profundos e estreitos com a comunidade académica e cientifica.

O conjunto da obra de Avelino Teixeira da Mota pode ser dividido em duas grandes áreas. Por um lado, os textos relativos ao estudo da cartografia antiga, da náutica e da expansão portuguesa; por outro, os estudos pioneiros, em Portugal, sobre as relações afro-portuguesas, as sociedades africanas e a História de África. Importa esclarecer, que esta dualidade se deve às funções profissionais daquele oficial de Marinha. Se é verdade que o seu interesse pelas matérias de âmbito náutico e cartográfico despontam ainda na Escola Naval, não é menos verdade que as suas primeiras publicações relativas à África e às relações luso-africanas só aparecem anos mais tarde, entre meados da década de 40 e o início dos anos 50, quando era o principal dinamizador do Centro de Estudos da Guiné - de que foi fundador e presidente na década de cinquenta - e prestava serviço como Ajudante de Campo do Governador, passando em seguida à Missão Geo-hidrográfica local.

Quando regressa, em 1971, das comissões de serviço na Guiné e em Angola Teixeira da Mota é destacado em comissão especial para o Ministério do Ultramar, com o intuito de dirigir o Agrupamento de Estudos de Cartografia Antiga, onde pensa publicar, com estudos críticos e edições em várias línguas, fontes portuguesas para a História da África. A tarefa revelar-se-ia difícil e irrealista para o panorama científico e cultural da altura, atendendo ao facto de o país passar nos anos seguintes por um período de transição social e política.

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