No retorno ao Brasil recolheu-se à vida familiar, estudos e ao trabalho na Editora Brasiliense. A doença logo o privaria da participação ativa nas mudanças políticas que o país experimentou nos anos 1980. Faleceu em 1990.

Os estudos históricos de Caio Prado Júnior são estreitamente vinculados à sua militância comunista. Aos 26 anos publicou Evolução política do Brasil, em edição financiada pelo autor, com circulação restrita e que alcançou repercussão entre os críticos nos jornais e nos meios partidários e intelectuais. Os traços inovadores da obra valeriam ao historiador o epíteto de iniciador da intepretação da história do Brasil segundo os métodos do materialismo histórico. O pioneirismo corresponde aos fatos, com a exceção de esparsos e genéricos artigos e ensaios publicados por militantes do PCB na década de 1920, desprovidos de pesquisa e de rigor analítico, confinados em pequeno círculo de leitores. Dividido em quatro capítulos, o livro realizou a avaliação sumária dos traços distintivos da colonização portuguesa, as turbulências políticas inauguradas com a vinda da família real e da sede da monarquia para a sua maior possessão nos trópicos, caracterizadas sob a égide da Revolução, e por último, o período imperial, no século XIX, até a proclamação da República, em 1889. A historiografia portuguesa está presente nos dois primeiros capítulos, com João Lúcio de Azevedo, Épocas de Portugal económico, que fornece as balizas interpretativas para a periodização da colonização, ao lado dos três volumes da obra comemorativa, organizada por Carlos Malheiros Dias, Ernesto de Vasconcelos e Roque Gameiro, História da colonização portuguesa do Brasil, publicada em 1921, e que os abastece de informações sobre a ação colonizadora desde os primórdios.

A atenção aos historiadores portugueses decorria de dois fatores. O primeiro era, naturalmente, dado pela imposição temática do estudo da colonização portuguesa. O segundo provinha da busca da renovação estética e intelectual, de orientação vanguardista, pulsante no Brasil desde a década de 1920. Tratava-se de repensar a filiação portuguesa da sociedade e da cultura brasileira, em nome da identidade e da especificidade nacional. E será com esta motivação e preocupação que o estudo da formação colonial permanecerá na obra do historiador, marcando-a definitivamente.

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