Era o único varão dos cinco filhos de uma família vimaranense, abastada, mas sem velhos pergaminhos, ainda que, aos 21 anos, tenha recebido carta de brasão de Moço Fidalgo da Casa Real. Seu pai, Francisco J. de Gouveia Morais Sarmento, fora alferes de milícias em Braga e casara com Joaquina Cândida de Araújo Martins, que se orgulhava de ser tia de uma figura de certo relevo na política nacional, o qual viria a ser o 1.º conde de Margaride. O casal possuía, entre as suas várias propriedades, a Casa da Ponte, em S. Salvador de Briteiros, onde residia a família e na qual se encontra o castro homónimo que tanta importância irá ter no percurso científico de Martins Sarmento. A sua formação iniciou-se aos oito anos, com a instrução primária, em Guimarães, e continuou no Colégio da Lapa, no Porto, tendo terminado em Coimbra, onde concluiu os estudos preparatórios, que lhe permitiram uma precoce entrada Universidade. Ao que parece, a sua vida de estudante universitário não passou ao lado da famosa boémia coimbrã e das aventuras poéticas de cunho ultra-romântico, tão típicas da sua geração. Apesar disso, aos vinte anos era bacharel em Direito. No entanto, o seu percurso pessoal pouco teve que ver com esta sua formação académica, uma vez que nunca exerceu, vivendo dos rendimentos do seu avultado património, na companhia de uma das suas irmãs. O seu casamento tardio (aos 43 anos) com Maria de Freitas Aguiar melhorou ainda mais a sua situação económica, dispondo sempre de condições para suportar os custos consideráveis que os seus interesses literários e científicos acarretavam, em particular os implicados pela investigação arqueológica. Sobre ele diz Émile Cartailhac (Les âges pré-historiques, 1886, p. 272): «Il y a dans le nord du Portugal, à Guimarães, un homme instruit et fortuné, enthousiaste et généreux, qui s’est dévoué à l’histoire de son pays».

Para alguém com enorme curiosidade intelectual e sem problemas económicos, Martins Sarmento, por motivos de saúde ou pelo seu temperamento, foi pessoa pouco dada a viagens, como nota o seu principal biógrafo. As suas únicas saídas de Portugal consistiram em duas deslocações à Galiza, a uma região bastante próxima da fronteira, não tendo ultrapassado a ria de Vigo. O eminente epigrafista alemão, Emílio Hübner, notável epigrafista alemão, por ele recebido de modo particularmente afável na sua casa de Guimarães, em vão o convidou para uma deslocação à Alemanha. Como todo o homem culto do seu tempo, Sarmento conhecia as línguas clássicas, em particular o latim, essencial na formação académica do seu tempo, tendo desenvolvido a sua aprendizagem no Colégio da Lapa. Naturalmente, conhecia também as principais línguas estrangeiras da Europa, acima das quais se encontrava o francês, língua de cultura da época.

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