Certamente teve discípulos como Afonso Taunay e sobretudo Rodolfo Garcia, além de ser alvo da admiração dos então jovens interessados em história, como Pedro Calmon e Artur Cezar Ferreira Reis, que o visitavam em sua casa de Botafogo. Além destes, coube a José Honório Rodrigues editar-lhe a Correspondência na década de 1950 e as obras completas na década de 1970. Logo após sua morte organizou-se a Sociedade Capistrano de Abreu, destinada a editar a obra esparsa, divulgar seus estudos e premiar novas contribuições à história do Brasil. Sua influência na historiografia brasileira só pode ser comparada à de Varnhagen. Além da diferença de geração e concepção da história, a este coube expor uma visão política e administrativa da história do país, enquanto Capistrano de Abreu valorizou os aspectos sociais e a formação territorial em seu aspecto sociológico. Suas interpretações de temas como entradas e bandeiras, caminhos terrestres e marítimos, integração territorial, articulação marinha-sertão ou presença indígena na formação social do país incorporaram-se definitivamente à historiografia, marcando-a indelevelmente.

Pertenceu apenas ao Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro, que frequentou ao longo da vida mas não se entusiasmava com a vida acadêmica. Em carta a João Lucio de Azevedo, de 1917 disse que fora instado a ingressar na Academia Brasileira de Letras quando da sua fundação, em 1897, mas recusou, lembrando que “fui inscrito na Academia Humana independente de consulta e já acho excessivo...”

Bibliografia activa: O Brasil no século XVI. Estudos. A armada de D. Nuno Manuel. Rio de Janeiro, Gazeta de Notícias, 1880; O descobrimento do Brasil, Rio de Janeiro, Civilização Brasileira, 1976; Capítulos de história colonial, Rio de Janeiro, Civilização Brasileira, 1976; Caminhos antigos e povoamento do Brasil, Rio de Janeiro, Civilização Brasileira, 1975; Ensaios e Estudos, 1a. série, Rio de Janeiro, Civilização Brasileira, 1975; 2ª. Série, 1976; 3ª. Série, 1976; 4ª. Série, 1976; Rã-Txã-Hu-Ni-Ku-i, Rio de Janeiro, Sociedade Capistrano de Abreu, 1941; Correspondência de Capistrano de Abreu (org. de José Honório Rodrigues), Rio de Janeiro, Civilizacão Brasileira, 1976, 3 vols.

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