A partir de 1899, com a extinção da cátedra de História do Brasil, foi colocado em disponibilidade, passando a dedicar-se inteiramente à pesquisa histórica. Seus temas preferidos foram o descobrimento do Brasil, a expansão territorial, a formação dos grupos sociais e as comunicações entre as diferentes capitanias, além de ter realizado pesquisas etnográficas, inclusive sobre línguas indígenas. Dessas pesquisas resultaram trabalhos publicados em livro, como O Brasil no século XVI. Estudos. A armada de D. Nuno Manuel (1880), a tese de concurso, O Descobrimento do Brasil e seu desenvolvimento no século XVI (1883) e os Capítulos de história colonial (1907). Trabalhos avulsos foram posteriormente publicados em livro: Caminhos antigos e povoamento do Brasil (1ª. Ed. 1930), Ensaios e Estudos (quatro séries, publicadas respectivamente em 1931, 1932, 1938 e 1976) e Rã-Txã-Hu-Ni-Ku-i; a língua dos Caxinauás do rio Ibucuí, afluente do Muru (1941) Dedicou-se, sobretudo, ao estudo da problemática colonial, notadamente o século XVI, e poucos de seus artigos versaram sobre o período imperial brasileiro, após 1822, nada produzindo sobre o Brasil republicano. Não obstante seu escasso interesse pelos temas que lhe eram mais próximos cronologicamente deixou uma periodização clássica do apogeu da história imperial, Fases do Segundo Império.

A vida intelectual e a obra de Capistrano de Abreu foram marcadas por duas fases nítidas de desenvolvimento. Da juventude até 1883, quando defendeu a tese de concurso, sua opção era decididamente cientificista. Recusando, como toda sua geração, a estética romântica e a filosofia eclética que dominou a vida cultural brasileira até fins da década de 1860, teve contatos com o positivismo, em particular na vertente de Littré e nas obras de Taine e Buckle, com Haeckell e com Spencer, cuja versão do evolucionismo adotaria sobretudo no trabalho sobre O descobrimento do Brasil e seu desenvolvimento no século XVI.

Ao contrário porém da maioria de seus contemporâneos, Capistrano não se filiou a nenhuma doutrina em particular, buscando aplicar a diferentes abordagens de acordo com suas indagações do momento. Esse ecletismo metodológico causou estranheza a muitos e o crítico Valentim Magalhães chegou a acusá-lo de praticar “a poligamia ou poliandria das ideias”. Por esse motivo, é mais preciso considerá-lo nessa fase um adepto do cientificismo, na medida que admitia os pressupostos epistemológicos das doutrinas tidas então como científicas, como a raiz comum newtoniana, a busca das leis da natureza, a objetividade do conhecimento científico e a redução do comportamento individual e social do homem a categorias biológicas e físicas.

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