A partir desse fundamento comum, as diferenças metodológicas que se davam em função de perspectivas diversas, como o positivismo e o evolucionismo, não lhe interessavam, pois jamais se adaptou às limitações de uma doutrina e muito menos se revelou adepto sectário delas. Sua preocupação maior nessa fase, como afirmou num texto de 1874 sobre o “a literatura brasileira contemporânea”, era encontrar algumas “leis basilares” da formação brasileira que explicassem a constituição da sociedade e da cultura do país, já que via a esta como instância reatora às condições do meio físico e social. Essa atitude o colocaria em certa posição de marginalidade, num meio em que a vida intelectual se fazia a partir de uma “república das letras”, núcleos doutrinários que por vezes se autodefiniam em “escolas” e até “seitas”. Não obstante o brilho que lhe reconheciam a crítica de Valentim Magalhães correspondia a uma sensação generalizada de estranhamento que acompanhou a recepção social de Capistrano de Abreu por toda a vida.

A tese sobre o descobrimento do Brasil e os contornos da sociedade brasileira no primeiro século era um trabalho cientificista, particular embora não exclusivamente, spenceriano. Ao longo da década de 1880 e na seguinte porém foi-se evidenciando a Capistrano de Abreu a fragilidade das interpretações com base no determinismo cientificista e na redução da história, da geografia e da antropologia ao diktat das ciências naturais. A leitura de autores alemães daquelas áreas e o conhecimento cada vez mais apurado da documentação arquivística, ademais da propensão a negar o espírito doutrinário, levou-o a abandonar as explicações não apenas característicamente positivistas ou spencerianas, como também todo o fundamento cientificista. Tornou-se um autor para quem o primado do objeto firmemente calcado numa leitura exaustiva das fontes substituía com vantagem na interpretação ao dogmatismo dos que chegavam à história com formulações apriorísticas, que os documentos deveriam tão somente confirmar.

A importância atribuída às fontes na interpretação não significa dizer que Capistrano tornou-se apenas mais um erudito a estudar minúcias, como chegou a ser acusado por outro contemporâneo, Silvio Romero, dogmaticamente spenceriano. Continuou interessado nos problemas históricos que elegeu como mais significativos para compreender a formação brasileira, mas agora elaborava suas conclusões a partir da base sólida da interpretação.

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