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Ao tema que lhe valeu a cátedra no Colégio Pedro II, o descobrimento do Brasil, de 1883, voltaria em outras oportunidades. Em 1900, a propósito das comemorações do quarto centenário, em 1905 e em 1908, além das referências nos Capítulos de História Colonial e nos Caminhos Antigos e Povoamento do Brasil. A tese que praticamente tinha duas partes, uma referente ao próprio descobrimento e outra ao Brasil quinhentista, era ainda expressamente spenceriana, em especial na segunda parte, onde Capistrano articulava as categorias evolucionistas às fontes documentais. O trabalho foi contribuição importante para fixar em definitivo o papel português no descobrimento, descartando o que chamava as pretensões francesas e espanholas. Ainda que se constatasse a prioridade cronológica espanhola em relação a Cabral e descartando a francesa, dizia: “A solução sociológica é diferente; nada devemos aos espanhóis, nada influíram sobre nossa vida primitiva; prendem-se muito menos à nossa história do que os franceses. Sociologicamente falando, os descobridores foram os portugueses.”
Nos estudos posteriores, entre 1900 e 1908, fixou vários aspectos da expedição do descobrimento e das armadas de 1501 e 1503, que Varnhagen deixara em aberto. Assim, o que a historiografia brasileira tem por assente na matéria é o resultado das primeiras pesquisas de Varnhagen acrescido das retificações e conclusões de Capistrano de Abreu. Descartando a velha polêmica do acaso ou intencionalidade na descoberta como irrelevante, fixou-se em temas ainda controversos à época como o local de chegada, a autenticidade da carta de Caminha ou a presença de Duarte Pacheco Pereira na região. Grande heurista, estabeleceu com rigor e critério as fontes disponíveis e seu uso por sucessivos historiadores. Preocupou-se em suas análises também com o estado do conhecimento geográfico e técnico que os portugueses tinham no momento do descobrimento, como forma de evitar anacronismos, situou a expansão marítima no largo quadro da presença europeia no Atlântico desde a Idade Média e concluiu sobre o papel fundamental de D. João II na retomada do processo que levou os portugueses à India e ao descobrimento do Brasil.
