A nomeação para o cargo de Reitor da Universidade de Lisboa (1959-62) permitiu a Marcelo Caetano um tratamento mais directo das questões relativas ao ensino universitário. Chefiou, na qualidade de Reitor, a delegação oficial portuguesa ao IV Colóquio Internacional de Estudos Luso-Brasileiros, realizado em Bahia, onde volta a tratar de um tema já seu conhecido, «Frei Serafim de Freitas e a polémica da liberdade dos mares». Enquanto Reitor intentou construir um ambiente universitário entre as diversas faculdades. Pode ainda atribuir-se-lhe a promoção e a direcção dos primeiros cursos universitários de férias em Angola e Moçambique. Em 1961 inaugurou o actual edifício da Reitoria da Universidade de Lisboa, já com as Faculdades de Direito e Letras edificadas. A investigação histórica não sofre uma quebra. Exemplo disto é estudo sobre a própria Faculdade de Direito, com os Apontamentos para a História da Faculdade de Direito de Lisboa (1960) – obra de consulta fundamental para se ter uma perspectiva histórica dos professores, funcionários, legislação, entre outros aspectos, sobre a Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa desde a sua fundação, em 1913, até 1953 – ainda hoje um dos poucos sobre esta Faculdade. Há ainda a destacar, na qualidade de Reitor, o envolvimento de Marcelo Caetano numa polémica com a Universidade de Coimbra sobre a antiguidade da própria Universidade de Lisboa. Toda esta situação criou uma enorme fricção entre os Senados Universitários de ambas as Universidades, ao ponto de o Senado da Universidade de Coimbra afirmar que existia uma “tentativa de falseamento da verdade histórica” por parte do Senado da Universidade de Lisboa (Pela Universidade de Lisboa, 1974, pp. 65-93).

Finda a crise académica de 1962, em que se demite do cargo de Reitor por divergência com o Ministro da Educação, Lopes de Almeida, Marcelo Caetano (que se colocou ao lado dos estudantes) optou por se afastar da vida política, à qual regressará em 1968, sucedendo então a Oliveira Salazar na Presidência do Conselho. É possível que desta crise académica tenha resultado um reforço de uma certa imagem mais reformista e “liberal” de Caetano, sem esquecer as anteriores divergências em relação a Salazar. Estes cinco anos de interregno na política activa permitem-lhe regressar ao “refúgio” da actividade docente e intelectual, voltando a tratar das temáticas ligadas ao panorama colonial, cortes medievais e história do Direito português. Reveladoras deste último aspecto são as Lições de História do Direito Português (1962; cadeira que deixaria no ano seguinte), em que se podee observar uma evolução das suas lições de 1941, nomeadamente no aprofundar da análise realizada, em detrimento da extensão (Marcelo Caetano, historiador, p. 14).

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