A fortuna crítica da obra de Varnhagen, notadamente, sua História Geral, talvez tenha sido superada pela grande História Geral da Civilização Brasileira, do início dos anos 1960, de Sérgio Buarque de Holanda. Mas, não nos enganemos, se Varnhagen perde centralidade, sua obra e sua História Geral, permanecem, se não como os “quadros de ferro”, como dizia Capistrano de Abreu, da historiografia brasileira, ao menos como uma fonte estruturante.

Varnhagen deixou a esposa e dois filhos, Xavier e Luis (a primogênita faleceu com apenas três anos). Xavier, nascido em Lima, morre em 1894, aos 29 anos. Sua mãe publicou suas memórias, escritas originalmente em francês, em 1896. Luis, nasceu em Viena, e adotou a nacionalidade materna, e como o pai tornou-se diplomata, porém do governo chileno. Seu último posto foi o de Ministro Plenipotenciário em Berlim. Morreu no Rio de Janeiro em 1939. Os filhos de Varnhagen não tiveram descendentes. Os Porto-Seguro, antes da metade do século XX, não existiam mais.

Bibliografia activa: Noticia historica e decriptiva do mosteiro de Belem, Lisboa, Typographia da Sociedade Propagadora dos Conhecimentos Uteis, s/d.;"Reflexões criticas sobre o escripto do seculo XVI impresso com o titulo de Noticias do Brazil”, in Collecção de Notas para a Historia e Geographia Ultramarinas, t. V, n. II, Lisboa, Typographie da Academia, 1839; “Chronica do descubrimento do Brazil”, in O Panorama: jornal litterario e instructivo da Sociedade propagadora dos conhecimentos uteis, vol. 4, jan-dez, 1840, 18/I: pp. 21-22; 1e/II : pp. 33-35; 8/II: pp. 43-45; 15/II: pp. 53-56; 29/II: 68-69; 14/III: pp. 85-87; 28/III: pp. 101-104; "Ensaio historico sobre as lettras no Brazil", Lisboa, Imprensa Nacional, 1850; Examen de quelques points de l’histoire géographique du Brésil, Paris, Imprimerie de L. Martinet, 1858; Memorial Organico, que a consideraçam das assembleias geral e provinciaes do imperio. Apresenta um brasileiro. Dado a luz por um amante do Brasil, Madri, na Imprensa da viuva de D. R. J. Dominguez, 1849-1850; A. Succinta indicação de alguns manuscriptos importantes relativos ao Brazil e a Portugal, existente no Museu Britannico em Londrese não comprehendidos no catálogo Figanière, publicado em Lisboa em 1853, ou simples additamento ao mesmo catálogo, Havana, Imprenta La Antilha, 1863; Da litteratura dos Livros de Cavallarias. Estudo breve e consciencioso: com algumas novidades acerca dos originaes portugueses e de várias questões co-relativas, tanto bibliographicas e linguisticas como historicas e biographicas, e um fac-simile. Vienna, Imp. de C. Gerold, 1872; Theophilo Braga e os antigos romanceiros de trovadores: (provarás para se juntarem ai processo). Vienna, Ed. por conta do autor, 1872; L’Origine Touranienne des Américains Tupis-Caribes et des Anciens Egyptiens. Indiquée principalement par la philologie comparé: traces d’une ancienne migration en Amérique, invasion du Brésil par les Tupis, etc. Vienne. Librairie I. et R. de Faesy & Historia das luctas com os Hollandezes no Brazil, desde 1624 a 1652 (1871), Lisboa, Typographia de Castro Irmão, 1872, nova edição melhorada e acrescentada; Historia Geral do Brazil. Madrid, Imprensa da V. de Dominguez, 1854. T. I; 1857 (3e/4e éd., anotada por J. Capistrano de Abreu e Rodolpho Garcia, São Paulo, 5 tomos, Companhia Editora Melhoramentos, 1927-1928); A questão da capital: maritima ou no interior?, Vienna d’Austria. Imp. do Filho de Carlos Gerold, Edição por conta do Autor, 1877; "Historia da Independencia do Brasil, até ao reconhecimento pela antiga metropole, comprehendendo, separadamente, a dos successos occorridos em algumas provincias até essa data", in Revista do IHGB, 1916/1917, 79, pp. 5-598.

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