Leite de Vasconcelos atribuiu ao local de nascimento e uma infância imersa em tradições populares o interesse que desenvolveu pela etnografia, pela arqueologia e pela filologia. Descendente de famílias fidalgas, neto de um médico abastado e de um juiz, viveu em Ucanha (distrito de Viseu) até aos 3 anos e meio. Fez ensino primário em Mondim e depois em S. João de Tarouca. Aprendeu francês com um familiar e latim com um padre local. Leu os clássicos portugueses na biblioteca familiar e estudou rudimentos de inglês e italiano. Embrenhou-se em leituras solitárias, junto de igrejas e ruínas.

Os seus pais, José Leite Cardoso de Melo (1810-1881) e de Maria Henriqueta Leite Vasconcelos Pereira de Melo (1815-1894), assistiram ao declínio da fortuna da família ao longo da primeira metade do século. Em 1875, com 17 anos, o jovem Leite era a única fonte de rendimento da família, trabalhando na administração municipal de Mondim. Empregou-se no Porto para pagar os estudos, trabalhando incessantemente e vivendo com extrema parcimónia nos gastos. Neste contexto adverso, distinguiu-se como aluno excelente. Completou sucessivamente o Curso de Liceu no Colégio de S. Carlos (1876-1879), o Curso de Ciências Naturais da Academia Politécnica do Porto (1879-1881) e o Curso de Medicina na Escola Médico-Cirúrgica (1881-1886). Mas foi num percurso de formação paralelo ao curso de Medicina que desenvolveu os seus verdadeiros interesses científicos. Desde o ensino liceal cultivou o gosto pela recolha de tradições, versos e romances populares. Em 1878 redigiu o primeiro estudo etnográfico, O Presbitério de Vila Cova. Iniciou-se no alemão, língua obrigatória para acesso à bibliografia atualizada.

Foi agente activo na criação de revistas literárias e de divulgação científica. Com Mont’Alverne de Sequeira fundou O Pantheon: revista de sciencias e lettras (1880-1881). A revista dirigiu-se aos estudantes do Porto e, tanto pelos conteúdos como pela lista de colaboradores pode ser relacionada com outros periódicos contemporâneos de divulgação do positivismo (cf. Era Nova: revista do movimento contemporâneo. Lisboa, 1880-1881; Positivismo: revista de philosophia. Porto, 1878-1882). Leite publicou versos e começou a escrever sobre história e linguagem popular. Conseguiu colaborações de Fialho de Almeida, Antero de Quental e Teófilo Braga, Martins Sarmento e Adolfo Coelho.

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