Foi também na década de 90 que Leite iniciou a publicação da sua obra fundamental no domínio da arqueologia, Religiões da Lusitânia (1897, 1905, 1913). O estudo das religiões é apresentado como uma contribuição parcelar para uma mais ampla história da Lusitânia. Na análise, distingue três períodos: o pré-histórico, sobre os povos que habitaram Portugal no período neolítico; o proto-histórico, sobre a geografia, etnologia e etnografia da Lusitânia; o histórico, a partir da conquista romana até à época dos suevos. Para o estudo dos períodos mais recuados, apoia-se-se nos dados arqueológicos e na análise dos vestígios materiais, para as épocas mais recentes apresenta um trabalho predominantemente etnológico. Um tópico relevante nesta obra (já presente aliás em no seu Portugal pré-histórico) é a crítica à tese de Herculano relativa à não continuidade entre Portugueses e Lusitanos. Leite defende que os povos da Lusitânia devem ser contados entre os ascendentes dos Portugueses, porque, além de uma concidência parcial de territórios, a origem da língua portuguesa podia ser considerada uma modificação da que usavam os luso-romanos e era possível encontrar nos povos dessa região traços de continidade no que respeita a costumes, superstições e lendas (cf. Religiões da Lusitânia, 1897, xxv-xxvi).

Em Paris, entre 1899 e 1901, estudou Filologia Românica e obteve o Diploma de Aluno Titular da Secção Histórica e Filológica da École des Hautes Études. Apresentou na Sorbonne a tese de doutoramento Esquisse d’une dialectologie portugaise (1901). Editado em Paris e escrito em francês, este trabalho foi amplamente divulgado e citado na bibliografia de romanística. Aplicando materiais linguísticos recolhidos por si desde a década de 80, propôs uma sistematização dos dialectos do português, distinguindo dialectos continentais, insulares e extra-europeus, o dialecto dos judeus portugueses em Hamburgo e Amsterdão e codialectos do Português (galego, mirandês, guadramilês, riodonorês). Trabalhou com bibliografia atualizada e beneficiou de informações fornecidas pelo crioulista Hugo Schuchardt, que conheceu em 1900 na Universidade de Graz. Seguiu-se uma série de viagens pela Europa, em que visitou universidades na Holanda e na Alemanha. De regresso a Portugal, iniciou um curso livre de filologia na Biblioteca Nacional (1903-1911), de que resultaram os compêndios Textos Arcaicos (1903) e Lições de Filologia Portuguesa (1911). Ao serviço do museu, participou nos congressos arqueológicos de Atenas (1905), Mechelen (1907), Cairo (1909) e Roma (1912), nos dois últimos como presidente da secção de arqueologia pré-histórica.

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