Por ter defendido centenas de estudantes que se tinham concentrado no recinto da Universidade para o celebrar, em 7 Abril desse ano de 1962, contra os quais o ministro da Educação ordenara o envio de numeroso contingente policial - que considerou desproporcionado, pondo em causa o prestígio da Universidade -   acedeu ao convite de Lindley Cintra para conseguir acalmar os ânimos. E durante várias horas contiveram o explosivo ambiente, “susceptível de um confronto físico de graves consequências” (Meio século…p. 17). Era então reitor da Universidade Marcelo Caetano. Na sequência desta tomada de posição, de afrontamento aberto ao regime ditatorial vigente, o concurso foi cancelado por decisão ministerial e só ao fim de três anos a vaga reabriu, acedendo finalmente à Agregação.  Mas a etapa seguinte e natural do currículo professoral que era a cátedra, a que concorreu em 1967, foi-lhe vedada ainda como represália pela posição tomada nos acontecimentos de 1962. Sem nunca descurar a docência e a investigação, lançou-se na escrita dos Itinerários de El-Rei D. Sebastião (1569-1572),completado com um 2.º volume, que abrangia os anos de 1573-1578, que viriam a ser editados pela Academia Portuguesa da História em 1987. A temática interessou-o por proporcionar uma perspectiva geo-histórica, nomeadamente nos âmbitos da história regional, da antroponímia e da toponímia. Nesta mesma linha se inscrevem os Itinerários de El-Rei D. João II (1481-1495), publicados pela mesma instituição em 1993.

Ao ver frustrada a aspiração à cátedra, aceitou o convite de Azeredo Perdigão, Presidente da Fundação Calouste Gulbenkian, para dirigir o Centro Cultural Português de Paris, instituição que criara com o objectivo de promover a cultura portuguesa em França.  Joaquim Veríssimo Serrão foi o seu primeiro director, cargo em que se manteve até 1972. Era um novo regresso a França, agora para desenvolver uma actividade como se de uma “embaixada cultural” se tratasse, “que procurava transmitir uma imagem da vida intelectual Portuguesa” (Andreia da Silva Almeida, p. 375).   Ao longo dos 5 anos do seu desempenho imprimiu ao Centro um fecundo dinamismo com a promoção de conferências, colóquios, concertos, exposições bibliográficas e de arte, a par de um programa editorial que se traduziu na publicação de 60 livros e catálogos. Entre as publicações, adquiriu particular relevância a criação dos Arquivos do Centro Cultural Calouste Gulbenkian, em 1969, cujos objectivos o próprio apresentou no 1.º vol. como sendo “um órgão doutrinal e informativo que pretende elevar os valores da Cultura Portuguesa”. A colaboração foi aberta a professores, investigadores, estudiosos franceses, portugueses e lusófilos espalhados pelo mundo. Respondia às aspirações de grande número de entusiastas da cultura lusa, constituindo instrumento ideal para uma análise da problemática cultural do seu tempo. Estava-se em plena “primavera marcelista”, em que se começava a observar uma maior abertura do país ao capitalismo internacional. E os âmbitos do Centro alargaram-se ao apoio que o seu director proporcionou a bolseiros portugueses e a exilados políticos em Paris, que buscavam uma especialização nas suas áreas científicas.

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