Face ao regime então vigente, em que a Instituição e o Presidente, seu rosto mais visível, eram visados, Veríssimo Serrão esclareceu o seu posicionamento político, afirmando que nunca fora monárquico  nem salazarista, nem se tinha deixado atrair pela ideia de restauração monárquica, “preso que estava ao republicanismo de matriz liberal que guardei até meados da década de 60, quando me convenci que sem executivos fortes não há governação possível no mundo que emergiu da Segunda Guerra Mundial” (Idem, p. 84). Na segunda parte desta declaração, é evidente que traça uma fronteira cronológica na sua opção política. Distancia-se do governo de Salazar, do qual sofreu as consequências, que se referiram, em concursos na Faculdade de Letras, tendo já sentido a perseguição da polícia política enquanto estudante em Coimbra pela sua pertença ao Movimento de Unidade Democrática Juvenil (MUDJ) (Vítor Serrão, “Historiador incontornável”). Na citada declaração reporta-se claramente ao governo de Marcelo Caetano, em cuja “primavera” de renovação do regime acreditou, para além de ter estabelecido com a sua pessoa uma relação de amizade pessoal e dedicado uma fidelidade ilimitada após o 25 de Abril. Esta postura, se por um lado é de convicta adesão ao que fora Presidente do Conselho, por outro, no “testamento intelectual”, redigido no ano 2000, apresenta as suas opções de fundo com outros matizes: “por formação individualista, nunca me inscrevi em partidos ou facções, limitando-me a exercer o debate de ideias que mais se coaduna com a minha forma de ser. O que sempre me inspirou foi servir a cultura como docente e investigador” (Meio século…p. 18). E de facto, é esta a faceta que prevalece ao ler-se a sua produção historiográfica, que é rigorosa nas fontes e destituída de outras interpretações que não seja a vasta documentação que a fundamenta. Não obstante a adesão ao marcelismo, a leitura desapaixonada e objectiva da sua vasta obra não permite afirmar que Joaquim Veríssimo Serrão tenha utilizado a escrita da História e o magistério de historiador para fazer a apologia do Estado Novo.

Na sua actividade inovadora na Academia dirigiu convite a prestigiados historiadores para a integrarem, linha de rumo que passará a ser uma constante até 2006, quando, ao fim de 30 anos, deixou a sua presidência. Em simultâneo lançou-se na promoção de iniciativas científicas que, logo no primeiro ano do mandato (1975) se concretizou na realização do colóquio O papel das áreas regionais na formação histórica de Portugal,campo predilecto das suas investigações, por considerar as suas assimetrias “células vivas do organismo português” (Ibidem. 31). Descobrira a importância da história regional e local na investigação desenvolvida nos arquivos da região Sul de França. A temática haveria de tornar-se uma constante nos seus multifacetados estudos, que transmitiu em seminários na Faculdade de Letras quando foi readmitido nas funções docentes e depois na orientação de teses de mestrado e doutoramento. No ano imediato promoveu um colóquio comemorativo do centenário da morte de Alexandre Herculano, que ocorreria em 1977, mas que antecipou para Outubro de 1976, escolhendo para tema Alexandre Herculano à luz do nosso Tempo e no qual interveio com estudos sobre diferentes facetas do historiador. Nesse mesmo ano publicava Herculano e a consciência do liberalismo português (1977) vindo a dedicar outros estudos a esta figura da renovação da historiografia e do Liberalismo oitocentista, por quem desde a sua juventude sentia um verdadeiro fascínio. É também um exemplo da especial atenção que dava a grandes personalidades de síntese que corporizaram períodos de mudança e de debate de ideias políticas. Nesta linha se situam as comemorações do bicentenário do Marquês de Pombal (1982), dedicando-lhe um colóquio e publicando a obra Marquês de Pombal. O Homem, o Diplomata e o Estadista, político representativo do final do Antigo Regime, cujas medidas governativas, inspiradas no ideário das Luzes -, mais pragmático que teórico - foram precursoras da Revolução Liberal.Com o mesmo propósito exaltou o perfil do último soberano de Portugal, escrevendo a sua biografia a que deu o título D. Manuel II (1889-1932). O Rei e o Homem à luz da História. (1990), além de lhe consagrar outros estudos.

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