A documentação à guarda de mosteiros mereceu particular atenção aos membros da comissão da ACL, nomeadamente Arouca e Tibães, cuja visita esteve a cargo de Frei Joaquim de Santa Rosa de Viterbo, que igualmente se encarregou dos cartórios da região de Trás-os-Montes e Viseu. Frei Joaquim de Santo Agostinho encarregou-se da região do Algarve, dos mosteiros de Alcobaça e da região de Leiria e de alguns colégios de Coimbra. Os cartórios públicos e os mosteiros de Santarém couberam a Fr. Joaquim Forjaz. Joaquim José Ferreira Gordo ficou a seu cargo com os cartórios e arquivos de Lisboa e Tomar e também de Espanha, conforme relata pormenorizadamente nos Apontamentos que publicou nas Memórias de Literatura Portuguesa (Tomo III, 1792, pp. 1-92). É de sua autoria o documento programático mais completo sobre esta missão da Academia, em carta dirigida a José Correia da Serra em Julho de 1789 (ibid, pp. 120-128), explicitando a tipologia dos cartórios públicos a visitar (incluindo os cartórios judiciais e os arquivos das provedorias, contadorias, almoxarifados e alfândegas), assim como dos cartórios dos mosteiros, cabidos e colegiadas. Refere ainda a vantagem de abranger, “se for possível, os de fidalgos de solar, que trouxeram a sua origem do tempo, em que estavam no seu maior auge os senhorios e jurisdições que recebiam da coroa” (ibid, p. 121). Refere com especial cuidado as tarefas que deveriam ser desenvolvidas pelos três encarregados de missão no arquivo da Torre do Tombo e demais cartórios de Lisboa, descrevendo com minúcia as operações e formalidades de registo a serem cumpridas. A única região do país que não foi expressamente visitada foi o Alentejo, parecendo plausível sugerir que tal se ficou a dever à presença marcante de Frei Manuel do Cenáculo nas dioceses de Beja e Évora, onde levou por diante uma reconhecida e aclamada acção de inventário e salvaguarda de documentos e monumentos históricos. Correia da Serra viria mais tarde a fazer um balanço altamente elogioso destas incursões arquivísticas, considerando-as fundamentais para o empreendimento editorial mais ambicioso, mas entretanto abandonado, do qual “a verdadeira História de Portugal devia sair” (José Correia da Serra, Coup d’oeil sur l’état des sciences et des lettres, 1804, p. cccxlvii).

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