A Memoria V, “Iª Epoca da Monarchia Portugueza, desde o Conde D. Henrique até o fim do reinado d’ El Rei D. Fernando” (cita-se edição de 1945), é finalmente a entrada no verdadeiro objectivo de Amaral – “a fundação da Monarchia Portugueza”. Segundo as suas palavras, é aqui que começa verdadeiramente o corpo da Obra. Esta primeira época, durante a qual a monarquia portuguesa se manteve nos limites do continente europeu, tem por baliza final o reinado de D. Fernando. Por entre as dificuldades de um reino formado à força de conquista, “vai brotando, e pulando a planta da primitiva Legislação Portugueza, Legislação amoldada à índole de homens de guerra”. Pondo-se termo à conquista, nascem novas preocupações com a “sua cultura, riqueza, e civilização; e em consequência novos objectos de Ordenações, e providencias”. A primeira questão que se põe é a independência e separação do novo Estado logo com o Conde D. Henrique. Velhas lutas historiográficas o disputam, mas só as bem documentadas garantem a vitória, por isso refere o contributo decisivo de alguns colegas da Academia das Ciências, particularmente João Pedro Ribeiro. Inumeráveis documentos que se encontravam no Cartório da Academia Real das Ciências, copiados dos seus originais pelos académicos João Pedro Ribeiro, Fr. Joaquim de Santa Rosa de Viterbo e Joaquim de Santo Agostinho, servirão de base à História de Caetano do Amaral, em mais uma demonstração do trabalho colectivo que caracteriza estas Academias do séc. XVIII.

Portugal nasce, portanto, logo com o Conde D. Henrique, como Reino independente. Quanto à concessão ou confirmação do Reino pelo Papa, o autor não deixa dúvidas, é ideia totalmente errada que só pode vir da ignorância acerca dos justos limites do poder espiritual, único próprio da Igreja. A inspecção dos papas sobre o temporal dos Reinos é tão claramente irregular “que não podia deixar de ferir os olhos da razão natural” (p. 30), levando a respostas fortes e justas por parte dos Reis, nomeadamente a de D. Afonso IV sobre o provimento da Mitra do Porto. Afirmação peremptória que insere ACA na defesa regalista da separação das esferas de jurisdição papal e régia. Junta-se assim a nomes como António Pereira de Figueiredo e encontra-se, também por este lado, com o filojansenismo. Estas posições tomadas entre as controvérsias e polémicas em torno dos principais temas políticos do tempo são posições historiográficas e também religiosas, mas são sobretudo profundamente políticas.

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