Para tal, foi necessário proceder a uma reorganização dos estatutos, reformulados em 1851 e, sobretudo, a uma espécie de revolução palaciana, pela qual Costa de Macedo se demitiu de sócio e de secretário perpétuo da ACL em 1855 e foi aposentado da função de guarda-mor da Torre do Tombo em 1857. Só desse modo Herculano e uma série de companheiros e discípulos – Rebelo da Silva, Mendes Leal, Oliveira Marreca, entre outros – puderam dar à ACL uma capacidade operativa e um fulgor que a instituição há muito não conhecia e que a vão caracterizar como centro de prestígio durante o derradeiro terço do século XIX e influenciar pelo menos o primeiro terço do século XX. Se Costa de Macedo fez ressurgir das cinzas a Academia em 1833, Herculano fez o mesmo à historiografia portuguesa via ACL, em 1852-1857, isto apesar de se recusar a leccionar no Curso Superior de Letras, criado à sombra da instituição em 1859. Vejamos como, em dois conjuntos de aspectos. Um Herculano bibliotecário da Ajuda e das Necessidades, vice-presidente da Academia, totalmente devotado à continuação da História de Portugal e dos Portugaliae Monumenta Historica, numa Regeneração em parte inspirada pelas suas ideias de progresso e de reconciliação. Bem como influenciador de estatutos académicos que vigorariam até 1935 e de um Curso Superior de Letras conducente à profissionalização do historiador/investigador, com a partilha do seu tempo e financiamento dos seus trabalhos via formação específica e carreira docente (por exemplo, com a fundação da Faculdade de Letras de Lisboa em 1911).
Os anos de 1820 a 1851 foram, em suma, os de transição da ACL para uma sociedade liberal, em que a História é valorizada enquanto instrumento de conhecimento e de entretenimento, de instrução e de lazer, conduzindo à progressiva necessidade de uma imprensa que divulgasse, de modo regular e acessível, a informação mais actualizada sobre obras de historiadores e romancistas. Apesar do patrocínio régio de D. Maria II e de D. Fernando II (tal como, mais tarde, de D. Pedro V), o espírito de intermitente guerra civil acaba por enfraquecer a ACL enquanto espaço de debate científico e metodológico sobre o papel e funções do conhecimento histórico. Muitos dos principais historiadores da época conheceram o gosto amargo do exílio, da luta armada e das privações. O papel apaziguador e conciliador da ACL foi importante, no sentido de manter viva a chama dos estudos históricos portugueses do século XVIII, mas foi pouco dinâmica a chamar a si novos métodos, novos historiadores, divulgadores e romancistas, os quais acabam por, verdadeiramente, marcar o espírito histórico da época.