É pois visível que a esse período de efeito potenciador de vocações e orientações – mas não necessariamente revoluções – metodológicas da historiografia portuguesa, de 1788-1795, sucede outro, de estagnação da qualidade da produção historiográfica da instituição e de secundarização do papel da ACL num movimento de vanguarda dos estudos históricos em Portugal, nos anos de 1826 a 1846. Esse parece mesmo constituir uma das incógnitas principais nos estudos de história da historiografia portuguesa do século XIX: como se explica a evolução (ou involução) de estudos históricos dos finais do século XVIII e inícios do XIX para a época da História de Portugal de Alexandre Herculano, cujo primeiro volume é publicado precisamente em 1846?
Se é verdade que a ACL continua, nos anos 20, 30 e 40 dessa centúria a permanecer como que a guardiã dos trabalhos históricos em Portugal, de acordo com a sua natureza de estrutura académica oficial, de patrocínio régio (como, aliás, sucedera com a Academia Real da História nos seus anos de maior brilhantismo), devido a dificuldades financeiras e de natureza vária, a busca ciosa por esse privilégio nem sempre a terá feito ser capaz de chamar a si aqueles historiadores que então mais se destacavam na introdução de inovações científicas no campo historiográfico. A historiografia oficial portuguesa passa por outras estruturas que não a ACL: a busca de uma memória política e institucional do Estado, a que se procurava conferir um suporte documental, é assegurado por um investimento erudito e diplomático via Secretaria de Estado dos Negócios Estrangeiros, financiadora do Quadro Elementar… (1842-1854), bem como por outras obras do Visconde de Santarém, de natureza geográfica e cartográfica, de manifesto patrocínio oficial e proponentes de uma sequência essencialmente polarizada pela unidade dinástica e pela experiência ultramarina.
A cultura política liberal assume como um dos seus principais desafios a apropriação da memória histórica nacional e é lesta em operacionalizar recursos humanos e científicos que internacionalmente pudessem dar de Portugal uma imagem mais facilmente assimilável em fóruns científicos e diplomáticos estrangeiros, nomeadamente, com impressão de textos em língua francesa e inglesa. Nesse sentido, história, geografia e cartografia ganham relações simbióticas mas de fronteiras científicas ténues, numa tradição que aliás já existia anteriormente na ACL.