Porém, o esforço colectivo de indagação de arquivos civis e eclesiásticos particulares, locais e regionais, tentado em 1788-1795 e, sobretudo, a continuada produção de textos de natureza histórica, como os que ainda hoje provocam vívido interesse por parte da comunidade académica (no caso das Memórias de Literatura…) tinham deixado de ser possíveis, por uma série de factores. Um deles, o da instabilidade política e militar, quase permanente entre os anos de 1820 e 1851. Outro, o da secundarização de uma acção de mecenato, por parte do rei, da família régia ou do presidente da ACL (por inerência, um príncipe de sangue), face a dissensões civis como as que ocorreram nos reinados de D. João VI, D. Pedro IV e D. Miguel I: o soberano deixara de poder ser o protector e financiador da instituição, em anos de guerra civil, crise financeira e económica e de politização do debate público, quer político e histórico, quer académico e intelectual.

A primeira experiência liberal portuguesa, a do Vintismo, parece ter visto com maus olhos a existência e o financiamento de uma instituição cultural tão claramente conotada com o Antigo Regime, com uma concepção aristocrática e elitista de um corpo académico, tão diferente de outros corpos culturais e cívicos, como a Universidade de Coimbra, os clubes políticos lisboetas e as associações culturais de variada natureza. Tal interpretação fica comprovada na citada sessão do Soberano Congresso de 9 de Janeiro de 1823, quando os deputados João Vitorino e João Maria Soares Castelo Branco afirmam que «todos os estabelecimentos académicos tinham nascido debaixo do bafo e protecção do poder absoluto, ao qual os sócios, mais que ninguém, queimavam incenso» e «os sábios das academias eram os primeiros promotores deste mesmo despotismo» (Luís R. Torgal e Isabel N. Vargues, A revolução de 1820 e a Instrução Pública, 1984, pp. 233 e 242).

Por fim, a ausência de uma sede definitiva da ACL, até 1833 e a constante alteração de localização não poderiam contribuir positivamente para a estabilização dos trabalhos históricos e para a constituição de um acervo documental e bibliográfico que fundamentasse o trabalho histórico continuado. Verifica-se que a irregularidade de publicação de trabalhos colectivos de natureza histórica e, sobretudo, a constante alteração da natureza dos títulos colectivos impressos pela Academia dificilmente resultaria num trabalho histórico e metodológico de inovação e de progresso científicos, como sucedera em 1789-1814. Nem os tempos de revolução, regeneração e implantação liberais o permitiriam, com outras prioridades culturais e científicas a imporem-se e a serem politicamente impostas.

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