Em 1833, conforme Lisboa é tomada pelas tropas liberais, a ACL é uma pálida imagem dos tempos áureos da fundação. Está desligada do convívio com as suas congéneres internacionais, porventura pouco interessadas em trocar textos, obras impressas e graus académicos com uma agremiação que representava um país em feroz e desumana guerra civil. Mas, apesar do esforço continuado do casal régio constituído por D. Maria II e D. Fernando II (em breve presidente da instituição) em restabelecer a antiga grandeza, fornecendo uma sede e meios materiais para que a ACL pudesse de novo dedicar-se ao estudo das ciências, das artes e das letras para obtenção do progresso nacional, de acordo com as intenções programáticas firmadas por Correia da Serra, as profundas fracturas sociais, ideológicas e políticas que caracterizam a primeira metade do século XIX português e, sobretudo, uma estagnação de projectos e de métodos dentro da classe de ciências morais e belas-letras, vão tornar muito difícil a retoma da produtividade histórica de outros tempos.

O papel de Joaquim José da Costa de Macedo, secretário perpétuo entre 1833 e 1855, vai ser primordial, na revitalização dos contactos internacionais e do prestígio da instituição enquanto centro académico por excelência, bem como na reaproximação de sócios politicamente desavindos pelos conflitos ideológicos ocorridos desde 1820 (vejam-se os discursos de 1838, 1843 e 1854). Costa de Macedo, que cultivava as amizades científicas com eruditos franceses, estava atento às novidades metodológicas que surgiam da Alemanha, da França e da Grã-Bretanha, no campo da história, mas nunca as conseguiu introduzir no seu próprio discurso histórico ou no da ACL; de resto, era sobretudo um erudito, não tanto um historiador. À sua volta, entre os demais sócios efectivos, livres e correspondentes da classe, havia outros tantos eruditos, leigos e eclesiásticos, homens educados num Antigo Regime intelectual (e historiográfico), que poderiam ter desempenhado outro papel na dinamização e inovação dos estudos históricos portugueses, fosse isso visto como uma prioridade da instituição ou da comunidade intelectual institucionalizada – sobretudo, na ACL e na Universidade de Coimbra. Isto é, poderiam ter procurado adaptar-se a uma nova época ou impulsionado a busca e integração institucional de jovens valores historiográficos.

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