De tal modo a ACL estava a distanciar-se dos debates da sociedade portuguesa em geral (ao contrário do que sucedera em épocas anteriores, no caso das cortes a adoptar em 1820), que a questão central de Casamansa (Guiné), em 1839-1841, não parece perpassar pelo seu interior, apesar de ter chamado a debate figuras de sócios, como Frei Francisco de São Luís, o visconde de Santarém, Herculano e mesmo o deputado Oliveira Marreca. A atitude corporativa face ao projecto inovador da História de Portugal, de Herculano, no que toca à questão do milagre de Ourique, é esclarecedora do espírito pouco inovador que então animava a instituição. Por outro lado, à sua volta, tanto em Portugal como no estrangeiro, surgiam novas agremiações produtoras de reflexões e discursos históricos sobre a geografia, a história e o ultramar. Foram os casos da Sociedade Marítima e Colonial de Lisboa, do Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro e da Sociedade de Geografia de Paris, no seio dos quais historiadores e geógrafos como Lopes de Lima, o visconde de Santarém, Avezac e Varnhagen publicavam e debatiam textos com uma regularidade e um dinamismo muito maiores do que a de simples impressão de fontes propostos nos três volumes da Colecção de Notícias para a História e Geografia das Nações Ultramarinas (1836-1856).

Pode mesmo afirmar-se que a chamada «Questão Macedo», que opôs Herculano ao secretário perpétuo Costa de Macedo, de 1854 a 1857 (portanto, já fora do âmbito cronológico do presente artigo), foi motivada não só por questões de prestígio pessoal do primeiro, mas sobretudo pela oposição a métodos ultrapassados de organização e inventariação do espólio bibliográfico da ACL, de financiamento e comercialização dos espécimes publicados pela tipografia da instituição e de processamento célere e regular de actas e decisões tomadas em assembleias. Embora a oposição do historiador à escassez de trabalhos históricos de cunho científico e inovador publicados pela Academia depois das suas reformas estatutárias de 1834 e de 1840 seja pouco conhecida, é possível que Herculano tivesse para a ACL um projecto semelhante ao que animava a vida de academias francesas, alemãs e britânicas da época: centros de debate, publicação e confrontação de ideias e documentos históricos, de modo a conhecer o passado e planificar o futuro – outro dos ideais programáticos dos estatutos de 1780, reiterado por Correia da Serra.

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