Em 1912, Júlio Dantas foi nomeado para cargo de Inspetor das Bibliotecas e Arquivos e, desde cedo, percebeu que a concentração dos fundos no Arquivo Nacional era impraticável, sendo necessário proceder à descentralização e à criação de arquivos públicos para poder ser cumprida a política de incorporações plasmada na lei. Assim, em 1915, surgiu o Arquivo dos Feitos Findos, situado no antigo Convento da Estrela e destinado a recolher os arquivos judiciais; em 1916, o Arquivo dos Registos Paroquiais, no antigo Paço de São Vicente de Fora; e em 1917, o Arquivo das Congregações, no Quelhas, onde se concentrou a documentação proveniente das congregações religiosas extintas após a implantação da República. A reunião de toda esta documentação só se efetivou após a mudança do Arquivo Nacional para o atual edifício, inaugurado em 1990. Também a Biblioteca Nacional recolheu documentação histórica, como, por exemplo, a do Conselho Ultramarino ou a da Direcção-Geral da Marinha, que durante largos anos havia estado armazenada em dependências do Ministério da Marinha e Ultramar.
Uma outra consequência das limitações do Arquivo Nacional e da consciência de que as incorporações em massa não podiam continuar a ser nele concentradas foi a criação de vários arquivos públicos: os arquivos distritais (instituídos a partir de 1916), os arquivos históricos ministeriais e o Arquivo Histórico Colonial. Passava assim a dispersar-se, por diferentes entidades detentoras, a documentação da administração central que, à face da lei, deveria ser custodiada pela Torre do Tombo. Esta dispersão teve efeitos muito negativos, refletindo-se nos acervos antigos que existiam um pouco por todas as dependências ministeriais e que, por falta de uma política coerente e respeitadora da sua integridade, se viram desarticulados na sua unidade sistémica. O tratamento e difusão dos fundos incorporados também tardou muito a ser concretizado. Em 1922, Mesquita de Figueiredo procurou suprir a falta de instrumentos de acesso à informação, sobretudo em relação aos arquivos incorporados após o liberalismo, elaborando um Roteiro prático (A. M. Figueiredo, 1922), segundo um critério topográfico, que deixou de ter utilidade pelo facto de grande parte da documentação ter sofrido mudanças de lugar, pouco tempo depois. Também João da Silva Marques, em 1935, publicou o conhecido Index indicum, primeiro volume de uma obra mais vasta que pretendia ser um guia geral do Arquivo, referenciando os instrumentos de acesso à informação existentes na época, apesar de não abrangerem a totalidade do acervo (J. M. S. Marques, Arquivo Nacional…, 1935).
Para além destes trabalhos, de carácter genérico e, portanto, absolutamente insuficientes, não surgiram, até à década de 80, quaisquer outros instrumentos passíveis de proporcionar o acesso à generalidade do acervo do Arquivo, particularmente aos cartórios incorporados, que continuavam apenas a dispor das listas de incorporação como meio, limitadíssimo, para aceder à informação. Depois de vários diplomas, promulgados durante a Primeira República, para o setor das bibliotecas e arquivos, que apenas de forma ténue tiveram impacto no Arquivo Nacional, o Decreto n.º 19.952, de 27 de junho de 1931, veio reorganizar de forma profunda o setor e introduziu mudanças substanciais, especialmente para as bibliotecas. Mas, com este diploma, que se pode considerar uma espécie de “lei de bases” das bibliotecas e dos arquivos, fortemente influenciado pelo ideário do Estado Novo e que vigorou durante mais de trinta anos (até 1965), pouco ou nada mudou no Arquivo Nacional. Foi homologado tacitamente o regulamento de 1902, continuando a imperar a visão historicista marcada pelo positivismo de Oitocentos, que se traduzia em trabalhos de interesse muito discutível, centrados especialmente em documentação medieval e moderna, para uso de alguns historiadores privilegiados no acesso às fontes documentais.