As grandes massas documentais nacionalizadas pelo Estado ao abrigo da legislação acima referida não puderam ser todas concentradas no Arquivo Nacional, por absoluta falta de espaço. Muitos dos cartórios recolhidos começaram a ser depositados na Biblioteca Nacional, no arquivo dos Próprios Nacionais, em Lisboa, e, por todo o País, nas repartições distritais da Fazenda, onde se foi acumulando a documentação, sobretudo de carácter financeiro, proveniente dos cartórios nacionalizados. A solução para instalar, conjuntamente, todos os arquivos recolhidos só veio a ser adotada após a República, com a criação de alguns depósitos, que se constituíram como anexos do Arquivo Nacional. O avolumar de documentação na Torre do Tombo e a ausência de uma planificação para o tratamento adequado das incorporações, as quais se mantiveram controladas apenas através das listas de remessa que as acompanharam, criaram uma situação muito complicada. Tendo em vista propor medidas para melhorar a organização e funcionamento do Arquivo, José Feliciano de Castilho foi incumbido, por Portaria de 5 de janeiro de 1843, de elaborar um relatório, o qual é bem elucidativo da situação caótica que se tinha gerado (J. F. Castilho, “[Relatório…]”, 1843). Essa situação foi-se agravando na segunda metade do século XIX, mercê da afluência de mais incorporações, regulamentadas pela já referida Lei de 1862, sem uma correspondente produção de instrumentos de pesquisa, que viabilizasse um efetivo acesso à informação dos fundos que se iam acumulando (F. Ribeiro, O Acesso…, vol. 1, 2003, pp. 436-445).
Por decisão do Conselho Superior da Instrução Pública, em 29 de dezembro de 1887, foi promulgado o diploma que criou um organismo destinado a superintender em matéria de bibliotecas e arquivos – a Inspeção Geral das Bibliotecas e Arquivos Públicos –, procurando- -se, com esta medida, desenvolver uma política para o setor e controlar de algum modo os efeitos perversos gerados pelas concentrações massivas de documentos. Desde a criação da Inspeção Geral até aos nossos dias, assistimos à difusão generalizada do modelo historicista e custodial que se desenvolveu a partir da implantação do Liberalismo e se consolidou ao longo do século XIX, tendo adquirido uma nova “roupagem”, a partir do início do século XX, mercê do desenvolvimento da técnica arquivística, mas mantendo em tudo os seus traços dominantes.
A política incorporacionista, moldada aos interesses historiográficos, teve tais efeitos que o Arquivo Nacional se tornou insuficiente para integrar todas as massas documentais, que iam passando para a tutela da Inspeção Geral das Bibliotecas e Arquivos Públicos. A exiguidade das instalações da Torre do Tombo foi determinante para o surgimento de arquivos anexos, que em boa verdade mais não foram do que depósitos da documentação que não era possível integrar no Arquivo Nacional.