O Decreto de 28 de maio de 1834, que extinguiu as ordens religiosas masculinas, é um dos mais importantes diplomas que determinou incorporações no arquivo da Torre do Tombo, neste caso as dos cartórios das instituições religiosas extintas. Mas, ao longo do século XIX e inícios do século XX, várias foram as disposições legislativas em matéria de incorporações, tendo em vista a concentração no Arquivo Nacional das fontes documentais importantes para os historiadores (M. S. Estevens, Sinopse…, 1949). Contudo, todo esse processo acabou por ser responsável pela desestruturação de muitos arquivos, dada a forma desorganizada como ocorreu (C. Erdmann, “A Secularização…”, 1927). A este propósito, vale a pena transcrever o que se pode ler no Roteiro de fontes da História Portuguesa Contemporânea: “Foi estabelecido o princípio de que devia ir para o Arquivo Nacional a documentação de natureza histórica, para a Biblioteca Nacional a documentação de natureza literária e para o Tesouro Público a documentação de natureza financeira. Este critério truncou os núcleos documentais e originou confusão na sua distribuição. Assim, muita documentação que entrou no A. N. T. T. foi depois mandada entregar no Tesouro Público ou aos governos civis dos distritos. Da mesma maneira muita documentação não veio para o Arquivo directamente das instituições religiosas, mas sim dos Próprios Nacionais, da Biblioteca Nacional, das Repartições da Fazenda e dos Governos Civis. Poucos são os cartórios que estão completos no A. N. T. T.” (Roteiro…, vol. 1, 1984, p. 241).

A preocupação em distinguir a documentação indispensável para fins administrativos da documentação de interesse histórico-cultural veio quebrar a unidade estrutural dos arquivos e desagregar a lógica organizativa dos documentos emanados de cada entidade produtora, situação agravada pelo facto de, em muitos casos, não ter sido incorporada na Torre do Tombo a totalidade da documentação de cada organismo extinto (R. Azevedo, “A Colecção Especial…”, 1947). Ao longo de Oitocentos, aumentou o interesse pelos arquivos, em consonância com as mudanças na conceção da própria História, a que não é alheia a influência do Positivismo. É neste quadro que se insere a ação de Alexandre Herculano, sob os auspícios da Academia das Ciências de Lisboa, traduzida nas visitas aos arquivos eclesiásticos do Reino em busca dos documentos que viriam a dar corpo aos Portugaliae Monumenta Historica (A. Herculano, “Do estado dos archivos…”, 1873; Idem, “Apontamentos…”, 1914; G. Pereira, “Jornadas…”, 1909-1910; A. Baião, “Alexandre Herculano…”, 1909). Esta ação conduziu à promulgação da Portaria de 11 de setembro de 1857, pela qual se ordenou a entrega no Arquivo Nacional da Torre do Tombo, dos documentos anteriores ao ano de 1280, existentes nos cartórios das mitras, cabidos, conventos e colegiadas, para se transcreverem os que fossem julgados dignos de entrar na coleção dos “Monumentos Históricos de Portugal”. As disposições da portaria vieram a ser reforçadas pela Lei de 2 de outubro de 1862, a qual estendeu o âmbito cronológico das incorporações no Arquivo da Torre do Tombo ao ano de 1600 e, mais tarde, pelo Decreto de 29 de dezembro de 1887, que alargou a obrigatoriedade das incorporações aos documentos anteriores a 1834.

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